diff --git a/inc/material.tex b/inc/material.tex index 7c42f2a..b7cda71 100644 --- a/inc/material.tex +++ b/inc/material.tex @@ -11,7 +11,7 @@ Autoklav & Thermo Fisher Scientific, Bonn\\ Automatische Pipetten & Gilson, Bad Camberg\\ \acs{CD}-Spektrometer J-715 & JASCO Corp., Gross-Umstadt\\ - Chromatographiesystem \newlineÄKTAprime plus & GE Healthcare, Freiburg \\ + Chromatographiesystem \newline ÄKTAprime plus & GE Healthcare, Freiburg \\ DNA-Gelkammersystem PerfectBlue & PEQLAB Biotechnologie, Erlangen\\ Elektroblotter PerfectBlue 'Semi-Dry' & PEQLAB Biotechnologie, Erlangen\\ Gelsysteme für große Gele & Zentralwerkstatt, Uni Düsseldorf\\ @@ -251,6 +251,7 @@ nach Herstellerangaben. \subsection{Restriktionsverdau von \acs{DNA}} \label{sec:restriktionsverdau_dna} +\begin{samepage} Im Zuge der Klonierung wurde der Zielvektor pET-16b über die beiden Restriktionsenzyme \textit{BamH}I und \textit{Nde}I linearisiert. Der Verdau erfolgte in einem Ansatzvolumen von \SI{25}{\micro\liter} bei \SI{37}{\celsius} über einen Zeitraum von \SI{2}{\hour}. \begin{description} @@ -261,6 +262,7 @@ Der Verdau erfolgte in einem Ansatzvolumen von \SI{25}{\micro\liter} bei \SI{37} \SI{10}{\Unit} \textit{Nde}I\\ ad \SI{25}{\micro\liter} \ce{dH2O} \end{description} +\end{samepage} \subsection{\acl{PCR}} @@ -280,10 +282,11 @@ vervielfacht werden. \subsubsection{Herstellung von Inserts für die \acs{SLIC}} \label{sec:inserts_slic} +\begin{samepage} Die Synthese von Inserts für eine \ac{SLIC} (vgl. \ref{sec:slic}) wurde mittels einer \ac{PCR} nach folgendem Ansatz durchgeführt: \begin{description} - \item[\ac{PCR}-Ansatz (\SI{50}{\micro\liter})] \hfill \\ + \item[\ac{PCR}-Ansatz] \hfill \\ \SI{1}{\micro\liter} DNA (Templat) \\ \SI{2}{\micro\liter} 3'-Primer (\SI{10}{\micro\Molar}) \\ \SI{2}{\micro\liter} 5'-Primer (\SI{10}{\micro\Molar}) \\ @@ -292,11 +295,12 @@ Ansatz durchgeführt: \SI{0,5}{\micro\liter} dNTPs (\SI{10}{\milli\Molar}) \\ ad \SI{50}{\micro\liter} dH2O \end{description} +\end{samepage} Das verwendete Cyclerprogramm ist in Tabelle \ref{tab:slic_cycler} aufgeführt. Bei der Berechnung der Annealing-Temperatur wurde im Fall der ersten zehn Zyklen die Schmelztemperatur -des zum \ac{PPDK}-Gen homologen Primerabschnitts zu Grunde gelegt. In den letzten +des zum \acs{PPDK}-kodierenden Bereich homologen Primerabschnitts zu Grunde gelegt. In den letzten zwanzig Zyklen die Schmelztemperatur des zum Zielvektor homologen Primerbereichs. -\begin{table} +\begin{table}[hbt] \centering \caption[Cyclerprogramm \acs{SLIC}]{Cyclerprogramm für die Synthese von Inserts zur \acs{SLIC}} \begin{tabular}{ccc} @@ -330,7 +334,7 @@ Zur Generierung der 5'-Überhänge wurden \SI{1000}{\nano\gram} Vektor- bzw. Ins \begin{description} \item[Ansatz für \ac{SLIC}-Dau (\SI{35}{\micro\liter})] \hfill \\ - x~\si{\micro\liter} \acs{DNA}~\textequiv~\SI{1000}{\nano\gram} \acs{DNA}\\ + x~\si{\micro\liter} \acs{DNA}~≡~\SI{1000}{\nano\gram} \acs{DNA}\\ \SI{2}{\micro\liter} \acs{BSA} (\SI{1}{\milli\gram\per\milli\liter})\\ \SI{4}{\micro\liter} NEBuffer 2 (New England Biolabs, Frankfurt)\\ \SI{1}{\Unit} T4-DNA-Polymerase (New England Biolabs, Frankfurt)\\ @@ -345,8 +349,8 @@ In das nachfolgende Annealing wurden \SI{150}{\nano\gram} Vektor-\acs{DNA}, sowi \begin{description} \item[\acs{SLIC}-Annealing (\SI{10}{\micro\liter})] \hfill \\ - x \si{\micro\liter} Vektor-\acs{DNA} \textequiv~\SI{150}{\nano\gram}\\ - y \si{\micro\liter} Insert-\acs{DNA} \textequiv~\SI{141}{\nano\gram}\\ + x \si{\micro\liter} Vektor-\acs{DNA} ≡~\SI{150}{\nano\gram}\\ + y \si{\micro\liter} Insert-\acs{DNA} ≡~\SI{141}{\nano\gram}\\ \SI{1}{\micro\liter} T4-Ligase Puffer (New England Biolabs, Frankfurt)\\ ad \SI{10}{\micro\liter} \ce{dH2O} \end{description} diff --git a/masterarbeit.kilepr b/masterarbeit.kilepr index 05c798a..eb8f9f5 100644 --- a/masterarbeit.kilepr +++ b/masterarbeit.kilepr @@ -4,7 +4,7 @@ img_extIsRegExp=false img_extensions=.eps .jpg .jpeg .png .pdf .ps .fig .gif kileprversion=2 kileversion=2.1.2 -lastDocument=masterarbeit.tex +lastDocument=inc/material.tex masterDocument= name=Masterarbeit pkg_extIsRegExp=false @@ -123,8 +123,8 @@ encoding=UTF-8 highlight=LaTeX line=9 mode=LaTeX -open=true -order=0 +open=false +order=1 [item:inc/abstract.tex] archive=true @@ -133,7 +133,7 @@ encoding=UTF-8 highlight=LaTeX line=3 mode=LaTeX -open=true +open=false order=2 [item:inc/anhang.tex] @@ -143,8 +143,8 @@ encoding=UTF-8 highlight=LaTeX line=1 mode=LaTeX -open=true -order=7 +open=false +order=3 [item:inc/diskussion.tex] archive=true @@ -153,8 +153,8 @@ encoding=UTF-8 highlight=LaTeX line=0 mode=LaTeX -open=true -order=6 +open=false +order=4 [item:inc/einleitung.tex] archive=true @@ -163,8 +163,8 @@ encoding=UTF-8 highlight=LaTeX line=0 mode=LaTeX -open=true -order=3 +open=false +order=5 [item:inc/ergebnisse.tex] archive=true @@ -173,18 +173,18 @@ encoding=UTF-8 highlight=LaTeX line=0 mode=LaTeX -open=true -order=5 +open=false +order=6 [item:inc/material.tex] archive=true -column=10 +column=62 encoding=UTF-8 highlight=LaTeX -line=166 +line=229 mode=LaTeX open=true -order=4 +order=1 [item:inc/zusammenfassung.tex] archive=true @@ -193,7 +193,7 @@ encoding=UTF-8 highlight=LaTeX line=1 mode=LaTeX -open=true +open=false order=8 [item:masterarbeit.kilepr] @@ -208,13 +208,13 @@ order=-1 [item:masterarbeit.tex] archive=true -column=24 +column=31 encoding=UTF-8 highlight=LaTeX -line=98 +line=15 mode=LaTeX open=true -order=1 +order=0 [view-settings,view=0,item:inc/abkuerzungen.tex] CursorColumn=54 @@ -253,8 +253,8 @@ JumpList= ViMarks= [view-settings,view=0,item:inc/material.tex] -CursorColumn=10 -CursorLine=166 +CursorColumn=62 +CursorLine=229 JumpList= ViMarks= @@ -265,7 +265,7 @@ JumpList= ViMarks= [view-settings,view=0,item:masterarbeit.tex] -CursorColumn=24 -CursorLine=98 +CursorColumn=31 +CursorLine=15 JumpList= ViMarks= diff --git a/masterarbeit.tex b/masterarbeit.tex index 8d91d8e..a199004 100644 --- a/masterarbeit.tex +++ b/masterarbeit.tex @@ -1,3 +1,4 @@ +% !Mode:: "TeX:UTF-8" \documentclass[final, % Bearbeitungsstatus: final/draft a4paper, % DIN A4 fontsize=13pt, % Schriftgröße: 13 pt @@ -9,8 +10,18 @@ BCOR=1cm, % Berücksichtigung eines Binderands im Satzspiegel headsepline=true, % Trennlinie zur Kopfzeile oneside, % Einsitiges Dokument - headinclude % Kopf dem Satzspiegel zurechnen wg. lebendem Kolumnentitel + headinclude, % Kopf dem Satzspiegel zurechnen wg. lebendem Kolumnentitel + ngerman, % Benutzte Sprachen werden global definiert (benötigt von + english % siunitx) ]{scrreprt} % Dokumentenklasse + +\usepackage{fixltx2e} +\usepackage{fontspec} +\usepackage{libertineotf} +\defaultfontfeatures{Ligatures=TeX} %,Numbers=OldStyle}% ,Scale=MatchLowercase} bug in current Biolinum + +%\usepackage{lua-visual-debug} + \usepackage[automark, % Lebende Kolumnentitel autooneside, % Berücksichtigung der Einseitigkeit des Dokuments headsepline @@ -24,15 +35,13 @@ %\ohead{\pagemark} % Seitenkopf außen: Seitenzahl \pdfcompresslevel=9 -\usepackage[utf8]{inputenc} % Eingabekodierung UTF-8 -\usepackage[T1]{fontenc} % Schriftkodierung -\usepackage{libertine} % Schriftarten 'Linux Libertine' und 'Linux Biolinum' -\usepackage[ngerman,english]{babel} % Neue Deutsche Rechtschreibung/Silbentrennung mit griechischen Buchstaben +\usepackage{babel} % Neue Deutsche Rechtschreibung/Silbentrennung mit griechischen Buchstaben \usepackage{setspace} % Paket für das Setzen des Zeilenabstandes \onehalfspacing % 1,5facher Zeilenabstand \usepackage[draft,kerning,spacing,protrusion=true,expansion,tracking=true,babel=true]{microtype} %Mikrotypographie (erweitertes Kerning, etc.) \usepackage{acronym} % Abkürzungen und Abkürzungsverzeichnis -\usepackage[alsoload=synchem,locale=DE,loctolang={DE:ngerman},obeyall=true,decimalsymbol={{{,}}},tophrase={{ bis }}]{siunitx} % SI-Einheiten +\usepackage[alsoload=synchem,locale=DE,obeyall,math-micro=\textmu,text-micro=\textmu]{siunitx} + \newunit{\bp}{bp} % Definition eigener Einheiten: Basenpaare \newunit{\kb}{kb} % Definition eigener Einheiten: Kilo-Basenpaare \newunit{\Unit}{U} % Definition eigener Einheiten: Unit @@ -51,7 +60,6 @@ \usepackage{graphicx} % Grafikerweiterung \usepackage[version=3]{mhchem} % Darstellung chemischer Summenformeln \usepackage{natbib} % Naturwissenschaftliche Zitierungsstile -%\usepackage[format=hang]{caption}[2008/08/24] % Formatierung von Bildunter-/Tabellenüberschriften \usepackage[format=plain,footnotesize]{caption}[2008/08/24] \usepackage{subcaption} % Untergeordnete Abbildungen \usepackage[fixlanguage]{babelbib} % Sprachanpassung für Literaturverzeichnis @@ -76,17 +84,15 @@ urlcolor=black % color of external links } -%Griechische Buchstaben/Symbole in Hauptschriftart für den Textmodus -\renewcommand{\textalpha}{{\libertineGlyph{alpha}}} -\renewcommand{\textbeta}{{\libertineGlyph{beta}}} -\renewcommand{\textepsilon}{{\libertineGlyph{epsilon}}} -\renewcommand{\texttheta}{{\libertineGlyph{theta}}} -\renewcommand{\textDelta}{{\libertineGlyph{Delta}}} -\renewcommand{\textpi}{{\libertineGlyph{pi}}} -\renewcommand{\textlambda}{{\libertineGlyph{lambda}}} -\renewcommand{\textrightarrow}{{\libertineGlyph{arrowright}}} -\renewcommand{\textregistered}{{\libertineGlyph{registered}}} -\newcommand{\textequiv}{{\libertineGlyph{equivalence}}} +\usepackage{unicode-math} +\setmathfont{Asana Math} +\setmathfont[range=\mathit/{latin,Latin,num,Greek,greek}]{Linux Libertine O Italic} +\setmathfont[range=\mathup/{latin,Latin,num,Greek,greek}]{Linux Libertine O} +\setmathfont[range=\mathbfup/{latin,Latin,num,Greek,greek}]{Linux Libertine O Bold} +\setmathfont[range=\mathbfit/{latin,Latin,num,Greek,greek}]{Linux Libertine O Bold Italic} +\setmathfont[range={"221E}]{Linux Libertine O}% "0221E = \infty +\setmathfont[range={"2261}]{Linux Libertine O}% "02261 = \eqiv + %opening \titlehead{\centering \includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.4\textwidth]{./img/HHU_Logo.eps}}