diff --git a/git_push.sh b/git_push.sh new file mode 100755 index 0000000..c08603b --- /dev/null +++ b/git_push.sh @@ -0,0 +1,30 @@ +#!/bin/bash + +# Entferne Backup-Dateien +rm ./*.tex.backup +rm ./inc/*.tex.backup + +# Entferne temporäre Editor-Dateien +rm ./*.tex~ +rm ./*.aux~ +rm ./inc/*.tex~ +rm ./inc/*.aux~ + +#Entferne LaTeX-Hilfsdateien +rm ./*.aux +rm ./inc/*.aux +rm ./*.bbl +rm ./*.blg +rm ./*.lof +rm ./*.lot +rm ./*.log +rm ./*.out +rm ./*.toc + +#Entferne aus EPS-Dateien erstellte PDFs +rm ./img/*-eps-converted-to.pdf + +#Eigentlicher git-push +git add . +git commit -a +git push diff --git a/inc/material.tex b/inc/material.tex index 56799a8..7c42f2a 100644 --- a/inc/material.tex +++ b/inc/material.tex @@ -71,8 +71,10 @@ \acf{IPTG} & 367-93-1 & PEQLAB Biotechnologie, Erlangen\\ Kaliumdihydrogenphosphat & 7778-77-0 & Grüssing, Filsum\\ Magnesiumchlorid & 7791-18-6 & VWR, Darmstadt\\ + Magnesiumsulfat-Heptahydrat & 10034-99-8 & \\ Natriumchlorid & 7647-14-5 & VWR, Damrstadt\\ Natriumdodecylsulfat (SDS) & 151-21-3 & Serva, Heidelberg\\ + Natriumhydrogencarbonat & 144-55-8 & VWR, Darmstadt\\ Nickelsulfat & 10101-97-0 & AppliChem, Darmstadt\\ Pepton & & Becton Dickinson, Heidelberg\\ Phosphorsäure & 7664-38-2 & Grüssing, Filsum\\ @@ -122,15 +124,28 @@ \bottomrule \end{tabularx} +\subsection{Restriktionsenzyme} +\label{sec:restriktionsenzyme} + + \begin{tabularx}{\textwidth}{p{0.25\textwidth}p{0.27\textwidth}X} + \toprule + \textbf{Bezeichnung} & \textbf{Hersteller} & \textbf{Erkennungssequenz (5'~--~3')}\\ + \midrule + \textit{BamH}I & New England Biolabs, Frankfurt & CA/TATG\\ + \textit{Nde}I & New England Biolabs, Frankfurt & G/GATCC\\ + \bottomrule + \end{tabularx} + \subsection{Bakterienstämme} \label{sec:batrienstaemme} - \begin{tabularx}{\textwidth}{p{0.25\textwidth}p{0.3\textwidth}X} + \begin{tabularx}{\textwidth}{p{0.25\textwidth}p{0.27\textwidth}X} \toprule \textbf{Bezeichnung} & \textbf{Hersteller} & \textbf{Genotyp}\\ \midrule BL21 (DE3) & Agilent Technologies, Waldbronn & \acs{E. coli} B F$^\text{-}$ \textit{ompT hsdS}(${\text{r}_\text{B}}^\text{-}~{\text{m}_\text{B}}^\text{-}$) \textit{dcm gal} \textlambda(DE3)\\ BL21 Gold (DE3) & Agilent Technologies, Waldbronn & \acs{E. coli} B F$^\text{-}$ \textit{ompT hsdS}(${\text{r}_\text{B}}^\text{-}~{\text{m}_\text{B}}^\text{-}$) \textit{dcm} Tet$^\text{r}$ gal \textlambda(DE3) \textit{endA} Hte\\ + XL1-Blue & Agilent Technologies, Waldbronn & \acs{E. coli} \textit{recA1 endA1 gyrA96 thi-1 hsdR17 supE44 relA1 lac} [F' \textit{proAB lacI$^\text{q}$ Z\textDelta M15} Tn\textit{10} (Tet$^\text{r}$)]\\ \bottomrule \end{tabularx} @@ -167,13 +182,49 @@ \SI{0,002}{\percent} (w/v) \ac{PMSF} \end{description} +\subsection{Puffer und Lösungen für die Reinigung} +\label{sec:reinigungspuffer} +\begin{description} + \item[Nickelsulfatlösung] \hfill \\ + \SI{100}{\milli\Molar} Nickelsulfat +\end{description} + +\begin{description} + \item[Waschpuffer] \hfill \\ + \SI{50}{\milli\Molar} \acs{Tris}/\ce{HCl}, pH 7,5\\ + \SI{300}{\milli\Molar} Natriumchlorid\\ + \SI{5}{\milli\Molar} Magnesiumsulfat\\ + \SI{5}{\milli\Molar} \ac{DTT}\\ + \SI{10}{\percent} (w/v) Glycerin\\ + \SI{0,002}{\percent} (w/v) \ac{PMSF} +\end{description} + +\begin{description} + \item[Elutionspuffer] \hfill \\ + \SI{50}{\milli\Molar} \acs{Tris}/\ce{HCl}, pH 7,5\\ + \SI{300}{\milli\Molar} Natriumchlorid\\ + \SI{500}{\milli\Molar} Imidazol\\ + \SI{5}{\milli\Molar} Magnesiumsulfat\\ + \SI{5}{\milli\Molar} \ac{DTT}\\ + \SI{10}{\percent} (w/v) Glycerin\\ + \SI{0,002}{\percent} (w/v) \ac{PMSF} +\end{description} + +\begin{description} + \item[Lagerungspuffer] \hfill \\ + \SI{50}{\milli\Molar} \acs{Tris}/\ce{HCl}, pH 8\\ + \SI{10}{\milli\Molar} Magnesiumchlorid\\ + \SI{0,1}{\milli\Molar} \ac{EDTA}\\ + \SI{5}{\milli\Molar} \ac{DTT}\\ + \SI{0,002}{\percent} (w/v) \ac{PMSF} +\end{description} \end{singlespace} -\section{Methoden} +\section{Molekularbiologische Methoden} \label{sec:methoden} -\subsection{DNA-Konzentrationsbestimmung} -\label{sec:dna_konzentrationsbestimmung} +\subsection{Konzentrationsbestimmung von Nukleinsäuren} +\label{sec:konzentrationsbestimmung_nukleinsaeuren} Nucleinsäuren besitzen aufgrund der aromatischen Basen ein Absorptionsmaximum bei einer Wellenlänge von \SI{260}{\nano\meter}. Die DNA-Konzentration kann daher spektrometrisch durch eine Absorptionsmessung bestimmt werden. Es gilt hierbei: @@ -186,10 +237,36 @@ durch eine Absorptionsmessung bestimmt werden. Es gilt hierbei: Platte im Mikroplatten-Lesegerät vermessen und die Konzentration aus der Differenz aus Probe und Puffer gemäß Gleichung \ref{eq:dna_konz} berechnet. +\subsection{Isolierung von Plasmid-\acs{DNA}} +\label{sec:isolierung_plasmid_dna} +Die Isolierung von Plasmiden erfolgte aus \SI{5}{\milli\liter} Übernachtkulturen mit Hilfe des +"`QIAprep$^\text{\textregistered}$ Spin Miniprep"'-Kits nach Herstellerangaben. +Die isolierte Plasmid-\acs{DNA} wurde in \SI{10}{\milli\Molar} \acs{Tris}/\ce{HCl} pH 8,5 bei bei +\SI{-20}{\celsius} gelagert. + +\subsection{Extraktion von \acs{DNA} aus Agarosegelen} +\label{sec:extraktion_dna_agarosegel} +Die Extraktion von \acs{DNA} aus Agarosegelen erfolgte mit dem "`illustra GFX PCR DNA and Gel Band Purification Kit"' +nach Herstellerangaben. + +\subsection{Restriktionsverdau von \acs{DNA}} +\label{sec:restriktionsverdau_dna} +Im Zuge der Klonierung wurde der Zielvektor pET-16b über die beiden Restriktionsenzyme \textit{BamH}I und \textit{Nde}I linearisiert. +Der Verdau erfolgte in einem Ansatzvolumen von \SI{25}{\micro\liter} bei \SI{37}{\celsius} über einen Zeitraum von \SI{2}{\hour}. +\begin{description} + \item[Ansatz Restriktionsverdau] \hfill \\ + \SI{4}{\micro\gram} Vektor-DNA\\ + \SI{2}{\micro\liter} NEBuffer 4 (New England Biolabs, Frankfurt)\\ + \SI{10}{\Unit} \textit{BamH}I \\ + \SI{10}{\Unit} \textit{Nde}I\\ + ad \SI{25}{\micro\liter} \ce{dH2O} +\end{description} + + \subsection{\acl{PCR}} \label{sec:pcr} Mit Hilfe der \ac{PCR} konnen Nukleinsäurefragmente gezielt -vervielfaltigt werden. Die Spezifität der Reaktion ist hierbei durch die Auswahl der +vervielfältigt werden. Die Spezifität der Reaktion ist hierbei durch die Auswahl der eingesetzten Primer gegeben. Eine PCR gliedert sich grundsätzlich in drei aufeinanderfolgende Phasen: Während der Denaturierung bei \SI{95}{\celsius} wird der Doppelstrang in die beiden Einzelstränge @@ -203,7 +280,7 @@ vervielfacht werden. \subsubsection{Herstellung von Inserts für die \acs{SLIC}} \label{sec:inserts_slic} -Die Synthese von Inserts für eine \ac{SLIC} wurde mittels einer \ac{PCR} nach folgendem +Die Synthese von Inserts für eine \ac{SLIC} (vgl. \ref{sec:slic}) wurde mittels einer \ac{PCR} nach folgendem Ansatz durchgeführt: \begin{description} \item[\ac{PCR}-Ansatz (\SI{50}{\micro\liter})] \hfill \\ @@ -246,12 +323,9 @@ zwanzig Zyklen die Schmelztemperatur des zum Zielvektor homologen Primerbereichs Die \ac{SLIC} \citep{Li2007} macht sich die Exonukleaseaktivität der T4-\acs{DNA}-Polymerase zu Nutze, um 5'-Überhänge zu generieren, welche anschließend in einer enzymunabhängigen Reaktion ligieren. -Der Zielvektor pET-16b wurde zunächst über die Restriktionsenzyme \textit{Nde}I und \textit{BamH}I (New England Biolabs, Frankfurt) -linearisiert. Hierfür wurden in einem Gesamtvolumen von \SI{25}{\micro\liter} \SI{4000}{\nano\gram} Plasmid-\acs{DNA} für \SI{2}{\hour} -bei \SI{22}{\celsius} nach Herstellerangaben gedaut. - -Der linearisierte Vektor wurde anschlieend über ein Agarosegel gereinigt und die \acs{DNA} aus dem Gel gelöst. Die für die \ac{PPDK} -kodierende Sequenz wurde wie in \ref{sec:pcr} beschrieben amplifiziert und ebenfalls über ein Agarosegel gereinigt. +Der Zielvektor pET-16b wurde zunächst über die Restriktionsenzyme \textit{Nde}I und \textit{BamH}I linearisiert (vgl. \ref{sec:restriktionsverdau_dna}). Der linearisierte Vektor +wurde anschließend über ein Agarosegel gereinigt und die \acs{DNA} aus dem Gel gelöst (vgl. \ref{sec:extraktion_dna_agarosegel}). Die +für die \ac{PPDK} kodierende Sequenz wurde wie in \ref{sec:pcr} beschrieben amplifiziert und ebenfalls über ein Agarosegel gereinigt. Zur Generierung der 5'-Überhänge wurden \SI{1000}{\nano\gram} Vektor- bzw. Insert-\acs{DNA} in folgendem Ansatz gedaut: \begin{description} @@ -267,15 +341,27 @@ Ziel war ein Dau von etwa \SI{30}{\bp} Länge. Aus der Exonukleaseaktivität der \SI{10}{\bp\per\minute} bei \SI{22}{\celsius} ergab sich eine Inkubationsdauer von \SI{40}{\minute}. Die Reaktion wurde durch Zugabe von $\frac{1}{10}$ des Ansatzvolumens \SI{10}{\milli\Molar} \ac{dCTP} gestoppt. -In das nachfolgende Annealing wurden \SI{150}{\nano\gram} Vektor-\acs{DNA}, sowie Insert DNA im zweifachen molaren Verhältnis -(\SI{144}{\nano\gram}) eingesetzt: +In das nachfolgende Annealing wurden \SI{150}{\nano\gram} Vektor-\acs{DNA}, sowie Insert DNA (\SI{2691}{\bp}) im zweifachen molaren Verhältnis eingesetzt: \begin{description} \item[\acs{SLIC}-Annealing (\SI{10}{\micro\liter})] \hfill \\ x \si{\micro\liter} Vektor-\acs{DNA} \textequiv~\SI{150}{\nano\gram}\\ - y \si{\micro\liter} Insert-\acs{DNA} \textequiv~\SI{144}{\nano\gram}\\ + y \si{\micro\liter} Insert-\acs{DNA} \textequiv~\SI{141}{\nano\gram}\\ \SI{1}{\micro\liter} T4-Ligase Puffer (New England Biolabs, Frankfurt)\\ ad \SI{10}{\micro\liter} \ce{dH2O} \end{description} +Der Ansatz wurde anschließend für \SI{1}{\hour} bei \SI{37}{\celsius} inkubiert. \SI{5}{\micro\liter} der Ansätze wurden für die +Transformation von \acs{E. coli} XL1-Blue eingesetzt. +\section{Mikrobiologische Methoden} +\label{sec:mikrobiologische_methoden} + +\section{Präparative Methoden} +\label{sec:praeparative_methoden} + +\section{Analytische Methoden} +\label{sec:analytische_methoden} + +\section{Bioinformatische Methoden} +\label{sec:bioinformatische_methoden} diff --git a/masterarbeit.kilepr b/masterarbeit.kilepr index bf68ceb..05c798a 100644 --- a/masterarbeit.kilepr +++ b/masterarbeit.kilepr @@ -4,7 +4,7 @@ img_extIsRegExp=false img_extensions=.eps .jpg .jpeg .png .pdf .ps .fig .gif kileprversion=2 kileversion=2.1.2 -lastDocument= +lastDocument=masterarbeit.tex masterDocument= name=Masterarbeit pkg_extIsRegExp=false @@ -118,10 +118,10 @@ order=-1 [item:inc/abkuerzungen.tex] archive=true -column=0 +column=54 encoding=UTF-8 highlight=LaTeX -line=21 +line=9 mode=LaTeX open=true order=0 @@ -131,7 +131,7 @@ archive=true column=0 encoding=UTF-8 highlight=LaTeX -line=1 +line=3 mode=LaTeX open=true order=2 @@ -178,20 +178,20 @@ order=5 [item:inc/material.tex] archive=true -column=31 +column=10 encoding=UTF-8 highlight=LaTeX -line=0 +line=166 mode=LaTeX open=true order=4 [item:inc/zusammenfassung.tex] archive=true -column=25 +column=0 encoding=UTF-8 highlight=LaTeX -line=0 +line=1 mode=LaTeX open=true order=8 @@ -208,23 +208,23 @@ order=-1 [item:masterarbeit.tex] archive=true -column=74 +column=24 encoding=UTF-8 highlight=LaTeX -line=32 +line=98 mode=LaTeX open=true order=1 [view-settings,view=0,item:inc/abkuerzungen.tex] -CursorColumn=0 -CursorLine=21 +CursorColumn=54 +CursorLine=9 JumpList= ViMarks= [view-settings,view=0,item:inc/abstract.tex] CursorColumn=0 -CursorLine=1 +CursorLine=3 JumpList= ViMarks= @@ -253,19 +253,19 @@ JumpList= ViMarks= [view-settings,view=0,item:inc/material.tex] -CursorColumn=31 -CursorLine=0 +CursorColumn=10 +CursorLine=166 JumpList= ViMarks= [view-settings,view=0,item:inc/zusammenfassung.tex] -CursorColumn=25 -CursorLine=0 +CursorColumn=0 +CursorLine=1 JumpList= ViMarks= [view-settings,view=0,item:masterarbeit.tex] -CursorColumn=74 -CursorLine=32 +CursorColumn=24 +CursorLine=98 JumpList= ViMarks= diff --git a/masterarbeit.pdf b/masterarbeit.pdf new file mode 100644 index 0000000..513d52d Binary files /dev/null and b/masterarbeit.pdf differ diff --git a/masterarbeit.tex b/masterarbeit.tex index f2c4c36..8d91d8e 100644 --- a/masterarbeit.tex +++ b/masterarbeit.tex @@ -96,6 +96,7 @@ \author{Alexander Ralph Michael Minges} \begin{document} +\selectlanguage{ngerman} \begin{titlepage} \begin{center}