diff --git a/inc/abstract.tex b/inc/abstract.tex index 64b4487..a115c9e 100644 --- a/inc/abstract.tex +++ b/inc/abstract.tex @@ -1 +1,4 @@ +\selectlanguage{english} \chapter*{Abstract} + +\selectlanguage{ngerman} \ No newline at end of file diff --git a/inc/material.tex b/inc/material.tex index 71bb454..56799a8 100644 --- a/inc/material.tex +++ b/inc/material.tex @@ -35,7 +35,6 @@ \subsection{Verbrauchsmaterialien} \label{sec:verbrauchsmaterialien} -%\begin{center} \begin{tabularx}{\textwidth}{p{0.55\textwidth}X} \toprule \textbf{Bezeichnung} & \textbf{Hersteller}\\ @@ -52,10 +51,43 @@ \bottomrule \end{tabularx} +\subsection{Chemikalien} +\label{sec:chemikalien} + \begin{longtable}{p{0.33\textwidth} r p{0.38\textwidth}} + \toprule + \textbf{Bezeichnung} & \textbf{CAS-Nummer} & \textbf{Hersteller}\\ + \midrule + Agar & & Becton Dickinson, Heidelberg\\ + Ampicillin-Natriumsalz & 69-52-3 & AppliChem, Darmstadt\\ + Bromphenolblau & 62625-28-9 & Sigma-Aldrich, München\\ + Coomassie Blue (CB250) & & \\ + Dikaliumhydrogenphosphat & 16788-57-1 & Grüssing, Filsum\\ + \acf{DTT} & 3483-12-3 & Sigma-Aldrich, München\\ + \acf{EDTA} & 60-00-4 & AppliChem, Darmstadt\\ + Ethanol & 64-17-5 & VWR, Darmstadt\\ + Glycerin & 56-81-5 & Carl Roth, Karlsruhe\\ + Hefeextrakt & & Becton Dickinson, Heidelberg\\ + Imidazol & 288-32-4 & AppliChem, Darmstadt\\ + \acf{IPTG} & 367-93-1 & PEQLAB Biotechnologie, Erlangen\\ + Kaliumdihydrogenphosphat & 7778-77-0 & Grüssing, Filsum\\ + Magnesiumchlorid & 7791-18-6 & VWR, Darmstadt\\ + Natriumchlorid & 7647-14-5 & VWR, Damrstadt\\ + Natriumdodecylsulfat (SDS) & 151-21-3 & Serva, Heidelberg\\ + Nickelsulfat & 10101-97-0 & AppliChem, Darmstadt\\ + Pepton & & Becton Dickinson, Heidelberg\\ + Phosphorsäure & 7664-38-2 & Grüssing, Filsum\\ + \acf{PMSF} & 329-98-6 & Merck, Bruchsal\\ + Polysorbat 20 (Tween$^{\text{\textregistered}}$ 20) & 9005-64-5 & Sigma-Aldrich, München\\ + Rotiphorese$^\text{\textregistered}$ Gel 30 & & Carl Roth, Karlsruhe\\ + Saccharose & 57-50-1 & Carl Roth, Karlsruhe\\ + Salzsäure & 7647-01-0 & VWR, Darmstadt\\ + \acf{Tris} & 77-86-1 & VWR, Darmstadt\\ + \bottomrule + \end{longtable} + \subsection{Standards für Proteine und Nukleinsäuren} \label{sec:standards_proteine_nukleinsaeuren} -%\begin{center} \begin{tabularx}{\textwidth}{p{0.55\textwidth}X} \toprule \textbf{Bezeichnung} & \textbf{Hersteller}\\ @@ -65,8 +97,78 @@ PageRuler Protein Ladder \newline(Prestained/Unstained) & Fermentas, {St. Leon-Rot}\\ \bottomrule \end{tabularx} -\end{singlespace} + +\subsection{Antikörper} +\label{sec:antikoerper} + \begin{tabularx}{\textwidth}{p{0.55\textwidth}X} + \toprule + \textbf{Bezeichnung} & \textbf{Hersteller}\\ + \midrule + Anti-His-\acs{HRP} & Carl Roth, Karlsruhe\\ + \bottomrule + \end{tabularx} + +\subsection{Kommerzielle Kits} +\label{sec:komerzielle_kits} + + \begin{tabularx}{\textwidth}{p{0.55\textwidth}X} + \toprule + \textbf{Bezeichnung} & \textbf{Hersteller}\\ + \midrule + illustra GFX PCR DNA and Gel Band\newline Purification kit & GE Healthcare, Freiburg\\ + QIAprep Spin Miniprep & Qiagen, Hilden\\ + Roti-Quant$^\text{\textregistered}$ (Bradford) & Carl Roth, Karlsruhe\\ + \bottomrule + \end{tabularx} + +\subsection{Bakterienstämme} +\label{sec:batrienstaemme} + + \begin{tabularx}{\textwidth}{p{0.25\textwidth}p{0.3\textwidth}X} + \toprule + \textbf{Bezeichnung} & \textbf{Hersteller} & \textbf{Genotyp}\\ + \midrule + BL21 (DE3) & Agilent Technologies, Waldbronn & \acs{E. coli} B F$^\text{-}$ \textit{ompT hsdS}(${\text{r}_\text{B}}^\text{-}~{\text{m}_\text{B}}^\text{-}$) \textit{dcm gal} \textlambda(DE3)\\ + BL21 Gold (DE3) & Agilent Technologies, Waldbronn & \acs{E. coli} B F$^\text{-}$ \textit{ompT hsdS}(${\text{r}_\text{B}}^\text{-}~{\text{m}_\text{B}}^\text{-}$) \textit{dcm} Tet$^\text{r}$ gal \textlambda(DE3) \textit{endA} Hte\\ + \bottomrule + \end{tabularx} + +\subsection{Plasmide} +\label{sec:plasmide} + + \begin{tabularx}{\textwidth}{p{0.25\textwidth}p{0.3\textwidth}X} + \toprule + \textbf{Bezeichnung} & \textbf{Hersteller} & \textbf{Marker}\\ + \midrule + pET-16b & Novagen, Darmstadt & Ampicillinresistenz\\ + \bottomrule + \end{tabularx} + +\subsection{Kulturmedien} +\label{sec:kulturmedien} +\begin{description} + \item[2YT (pH 7,5)] \hfill \\ + \SI{1,6}{\percent} (w/v) Pepton\\ + \SI{1}{\percent} (w/v) Hefeextrakt\\ + \SI{0,5}{\percent} (w/v) Natriumchlorid\\ +\end{description} + +\subsection{Puffer für den Zellaufschluss} +\label{sec:puffer_zellauschluss} +\begin{description} + \item[Aufschlusspuffer] \hfill \\ + \SI{50}{\milli\Molar} \acs{Tris}/\ce{HCl}, pH 7,5\\ + \SI{300}{\milli\Molar} Natriumchlorid\\ + \SI{10}{\milli\Molar} Imidazol\\ + \SI{5}{\milli\Molar} Magnesiumsulfat\\ + \SI{5}{\milli\Molar} \ac{DTT}\\ + \SI{10}{\percent} (w/v) Glycerin\\ + \SI{0,002}{\percent} (w/v) \ac{PMSF} +\end{description} + + +\end{singlespace} \section{Methoden} \label{sec:methoden} @@ -76,7 +178,7 @@ Nucleinsäuren besitzen aufgrund der aromatischen Basen ein Absorptionsmaximum bei einer Wellenlänge von \SI{260}{\nano\meter}. Die DNA-Konzentration kann daher spektrometrisch durch eine Absorptionsmessung bestimmt werden. Es gilt hierbei: \begin{align} - \text{OD}_{600} \equiv \SI{50}{\micro\gram\per\milli\liter}~\text{DNA} + \text{OD}_{260} \equiv \SI{50}{\micro\gram\per\milli\liter}~\text{DNA} \label{eq:dna_konz} \end{align} @@ -141,14 +243,15 @@ zwanzig Zyklen die Schmelztemperatur des zum Zielvektor homologen Primerbereichs \subsection{\acf{SLIC}} \label{sec:slic} -Die \ac{SLIC} \citep{Li2007} macht sich die Exonukleaseaktivität der T4-\acs{DNA}-Polymerase zu Nutze, um 5'-Überhänge zu generieren, welche anschließend in einer enzymunabhängigen Reaktion ligieren. +Die \ac{SLIC} \citep{Li2007} macht sich die Exonukleaseaktivität der T4-\acs{DNA}-Polymerase zu Nutze, um 5'-Überhänge zu generieren, +welche anschließend in einer enzymunabhängigen Reaktion ligieren. -Der Zielvektor pET-16b wurde zunächst über die Restriktionsenzyme \textit{Nde}I und \textit{BamH}I (New England Biolabs, Frankfurt) linearisiert. Hierfür wurden in einem Gesamtvolumen von \SI{25}{\micro\liter} \SI{4000}{\nano\gram} Plasmid-\acs{DNA} für \SI{2}{\hour} bei \SI{22}{\celsius} nach Herstellerangaben gedaut. - -Der linearisierte Vektor wurde anschlieend über ein Agarosegel gereinigt und die \acs{DNA} aus dem Gel gelöst. - -Die für die \ac{PPDK} kodierende Sequenz wurde wie in \ref{sec:pcr} beschrieben amplifiziert und ebenfalls über ein Agarosegel gereinigt. +Der Zielvektor pET-16b wurde zunächst über die Restriktionsenzyme \textit{Nde}I und \textit{BamH}I (New England Biolabs, Frankfurt) +linearisiert. Hierfür wurden in einem Gesamtvolumen von \SI{25}{\micro\liter} \SI{4000}{\nano\gram} Plasmid-\acs{DNA} für \SI{2}{\hour} +bei \SI{22}{\celsius} nach Herstellerangaben gedaut. +Der linearisierte Vektor wurde anschlieend über ein Agarosegel gereinigt und die \acs{DNA} aus dem Gel gelöst. Die für die \ac{PPDK} +kodierende Sequenz wurde wie in \ref{sec:pcr} beschrieben amplifiziert und ebenfalls über ein Agarosegel gereinigt. Zur Generierung der 5'-Überhänge wurden \SI{1000}{\nano\gram} Vektor- bzw. Insert-\acs{DNA} in folgendem Ansatz gedaut: \begin{description} @@ -160,9 +263,12 @@ Zur Generierung der 5'-Überhänge wurden \SI{1000}{\nano\gram} Vektor- bzw. Ins ad \SI{35}{\micro\liter} \ce{dH2O} \end{description} -Ziel war ein Dau von etwa \SI{30}{\bp} Länge. Aus der Exonukleaseaktivität der T4-\acs{DNA}-Polymerase von \SI{10}{\bp\per\minute} bei \SI{22}{\celsius} ergab sich eine Inkubationsdauer von \SI{40}{\minute}. Die Reaktion wurde durch Zugabe von \SI{3,5}{\micro\liter} \ac{dCTP} gestoppt. +Ziel war ein Dau von etwa \SI{30}{\bp} Länge. Aus der Exonukleaseaktivität der T4-\acs{DNA}-Polymerase von +\SI{10}{\bp\per\minute} bei \SI{22}{\celsius} ergab sich eine Inkubationsdauer von \SI{40}{\minute}. Die Reaktion wurde +durch Zugabe von $\frac{1}{10}$ des Ansatzvolumens \SI{10}{\milli\Molar} \ac{dCTP} gestoppt. -In das nachfolgende Annealing wurden \SI{150}{\nano\gram} Vektor-\acs{DNA}, sowie Insert DNA im zweifachen molaren Verhältnis (\SI{144}{\nano\gram}) eingesetzt: +In das nachfolgende Annealing wurden \SI{150}{\nano\gram} Vektor-\acs{DNA}, sowie Insert DNA im zweifachen molaren Verhältnis +(\SI{144}{\nano\gram}) eingesetzt: \begin{description} \item[\acs{SLIC}-Annealing (\SI{10}{\micro\liter})] \hfill \\ diff --git a/masterarbeit.tex b/masterarbeit.tex index b8572ac..f2c4c36 100644 --- a/masterarbeit.tex +++ b/masterarbeit.tex @@ -27,7 +27,7 @@ \usepackage[utf8]{inputenc} % Eingabekodierung UTF-8 \usepackage[T1]{fontenc} % Schriftkodierung \usepackage{libertine} % Schriftarten 'Linux Libertine' und 'Linux Biolinum' -\usepackage[ngerman]{babel} % Neue Deutsche Rechtschreibung/Silbentrennung mit griechischen Buchstaben +\usepackage[ngerman,english]{babel} % Neue Deutsche Rechtschreibung/Silbentrennung mit griechischen Buchstaben \usepackage{setspace} % Paket für das Setzen des Zeilenabstandes \onehalfspacing % 1,5facher Zeilenabstand \usepackage[draft,kerning,spacing,protrusion=true,expansion,tracking=true,babel=true]{microtype} %Mikrotypographie (erweitertes Kerning, etc.) @@ -37,7 +37,7 @@ \newunit{\kb}{kb} % Definition eigener Einheiten: Kilo-Basenpaare \newunit{\Unit}{U} % Definition eigener Einheiten: Unit \newunit{\rpm}{rpm} % Definition eigener Einheiten: Umdrehungen/Minute -\newunit{\g}{x g} % Definition eigener Einheiten: relative Erdbeschleunigung +\newunit{\g}{x~g} % Definition eigener Einheiten: relative Erdbeschleunigung \newunit{\psi}{psi} % Definition eigener Einheiten: Pounds per inch \newunit{\CV}{CV} \newunit{\AS}{AS} @@ -83,6 +83,7 @@ \renewcommand{\texttheta}{{\libertineGlyph{theta}}} \renewcommand{\textDelta}{{\libertineGlyph{Delta}}} \renewcommand{\textpi}{{\libertineGlyph{pi}}} +\renewcommand{\textlambda}{{\libertineGlyph{lambda}}} \renewcommand{\textrightarrow}{{\libertineGlyph{arrowright}}} \renewcommand{\textregistered}{{\libertineGlyph{registered}}} \newcommand{\textequiv}{{\libertineGlyph{equivalence}}}