\documentclass[hyperref={pdfencoding=auto,colorlinks=false}]{beamer} \usepackage{fontspec} \usepackage{fontawesome5} \usepackage{polyglossia} \usepackage{tikz} \usetikzlibrary{fit} \usepackage{caption} \usepackage{csquotes} \usetheme{metropolis} \metroset{block=fill} \setdefaultlanguage[variant=german, spelling=new, latesthyphen=true]{german} \setotherlanguage[variant=usmax]{english} \title{eLabFTW} \subtitle{Das freie elektronische Laborjournal} \author[Alexander Minges]{\includegraphics[width=0.2\textwidth]{img/elabftw-logo-small.pdf}\\Alexander Minges} \institute[Biochemische Pflanzenphysiologie]{Institut für Biochemische Pflanzenphysiologie\\Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf} \date{\scriptsize Heinrich-Heine-Universität\\5. Oktober 2018} \hypersetup{pdfauthor={Alexander Minges}} \newcommand\blfootnote[1]{% \begingroup \renewcommand\thefootnote{}\footnote{#1}% \addtocounter{footnote}{-1}% \endgroup } \begin{document} \maketitle \section{Einführung} \begin{frame} \frametitle{Was ist eLabFTW?} eLabFTW ist ein generisches elektronisches Laborjournal (ELN) \pause \begin{itemize} \item Offene und freie Software (GNU AGPL 3.0~\includegraphics[height=1.0em]{img/AGPLv3_Logo.pdf})\pause \item Gemeinschaftliche Entwicklung durch \\ Freiwillige -- von Wissenschaftlern, für Wissenschaftler\pause \item Browser basierte Benutzeroberfläche, kompatibel mit allen gängigen Browsern und (Mobil-) Geräten\pause \item Übersetzt in verschiedene Sprachen \end{itemize} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{Was ist eLabFTW?} \begin{center} \large eLabFTW ist eine freie und offene Software (FLOSS) \end{center} \pause \begin{description} \item[Frei wie in \textquote{Freibier}] eLabFTW ist jederzeit \textbf{kostenlos} verfügbar \item[Frei wie in \textquote{Freiheit}] der \textbf{Quelltext} steht offen zur Verfügung, kann \textbf{angepasst, verändert und weiterverbreitet} werden \end{description} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{Warum elektronische Laborbücher} \begin{center} \large Analoge Laborbücher sind ein Anachronismus\ldots \end{center} \pause \begin{figure} \centering \includegraphics[width=0.75\textwidth]{img/anachronismus_1.png} \blfootnote{Dirnagl \& Przesdzing 2016 (doi: 10.12688/f1000research.7628.1)} \end{figure} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{Eine kurze Historie} \Huge\faClock\normalsize \begin{description} \item[2012] Initiiert von Nicolas Carpi am \emph{Institut Curie} \item[Feb. 2013] Erste veröffentlichte Version (0.7.0) \item[2018] Offiziell durch das \emph{Institut Curie} unterstütztes Softwareprojekt \item[Aug. 2018] Veröffentlichung der aktuellen stabilen Version 2.0 \item[Sep. 2018] Bugfix-Release 2.0.3 \end{description} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{eLabFTW arbeitet platformunabhängig} \begin{center} \Huge\faPhp\hspace{1em}\faDatabase\hspace{1em}\faServer \end{center} \begin{itemize} \item Installation auf zentralem \textbf{Server} (Webserver + PHP + MySQL/MariaDB) \item Zugriff über \textbf{Webbrowser} auf Endgeräten (Desktop, Notebook, Tablet, Smartphone) \item \textbf{Keine Installation spezieller Software} auf dem Client nötig, keine Bindung an bestimmte \textbf{Betriebssysteme} \end{itemize} \begin{center} \LARGE\faWindows\hspace{0.75em}\faLinux\hspace{0.75em}\faApple\hspace{0.75em}\faFreebsd \\ \faFirefox\hspace{1.25em}\faChrome\hspace{1.25em}\faSafari\hspace{1.25em}\faEdge \end{center} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{eLabFTW wird weltweit eingesetzt} \begin{figure} \includegraphics[width=0.9\textwidth]{img/users.pdf} \end{figure} \end{frame} \section{Funktionsumfang} \begin{frame} \frametitle{Benutzeroberfläche} \centering eLabFTW verfügt über eine moderne und übersichtliche Benutzeroberfläche \begin{figure} \centering \includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_01.png} \end{figure} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{Datenmodell} \huge\faFlask\hspace{0.5em}\large Experimente\normalsize \begin{itemize} \item Frei definierbarer \textbf{Status} (z.B. \textquote{abgeschlossen}, \textquote{laufend} \ldots) \item \textbf{Zeitstempel} möglich \item Definierung von \textbf{Vorlagen und Schritten} \end{itemize} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{Datenmodell} \huge\faDatabase\hspace{0.5em}\large Datenbankeinträge\normalsize \begin{itemize} \item Definierung von \textbf{Vorlagen und Subtypen} \item Nutzbar für z.B. Laborinventar, Protokolle \item Definition von \textbf{buchbaren Einträgen} möglich \end{itemize} \pause \huge\faTag\hspace{0.5em}\large Kategorisierung\normalsize \begin{itemize} \item Frei definierbare Schlagwörter (\emph{Tags}) \end{itemize} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{Erstellen von Experimenten und Datenbankeinträgen} \only<1>{\centering Bearbeitung im grafischen Texteditor} \only<2>{\centering Anhängen von Dateien mit Vorschau} \begin{figure} \centering \only<1>{\includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_editor1.png}} \only<2>{\includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_editor2.png}} \end{figure} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{Laborinventar} \centering Inventarverwaltung mit frei definierbaren Vorlagen \begin{figure} \centering \includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_03.png} \end{figure} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{Integrierter Zeitplan} \centering Buchung von Geräten über integrierten Kalender \begin{figure} \centering \includegraphics[width=0.8\textwidth]{img/elab/elab_02.png} \end{figure} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{Erstellen von Experimenten und Datenbankeinträgen} Weitere Funktionen \begin{itemize} \item Eingabe alternativ als \textbf{strukturierter Text} (Markdown)\pause \item \textbf{Vorschau} gängiger Dateiformate (u.a. PDF, TIFF, PDB, SDF,\ldots)\pause \item \textbf{Versionierung} von Einträgen und angehängten Daten\pause \item \textbf{Verlinkung} von Experimenten/Datenbankeinträgen auch untereinander\pause \item \textbf{Freigabe} von Experimenten für andere Benutzer\pause \item Satz \textbf{mathematischer Formeln} \end{itemize} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{Zeitstempel} Fixierung von Experimenten mittels Zeitstempel \begin{columns}[c] \begin{column}{0.8\textwidth} \begin{itemize} \small \item Nachweis eines definierten Zustandes zum Zeitpunkt \textquote{X} \item Zeitstempeldienst (TSA) nach RFC 3161 (z.B. DFN) \item Datenintegrität mittels Signatur überprüfbar \end{itemize} \end{column} \begin{column}{0.2\textwidth} \includegraphics[width=\textwidth]{img/Zeitstempel_01.jpg} \end{column} \end{columns} \pause \begin{figure} \centering \includegraphics[width=0.95\textwidth]{img/elab/ts01.png} \end{figure} \blfootnote{Abbildung: Wikimedia Commons; CC BY-SA 4.0 \faCreativeCommons~\faCreativeCommonsBy~\faCreativeCommonsSa\hspace{1em}} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{Datenexport/-import} \begin{itemize} \item Export einzelner Experimente und Datenbankeinträge inkl. angehängter Dateien als \textbf{ZIP} \item Export als \textbf{PDF-Datei} mit Vorschau angehängter Dateien \item Massenexport als \textbf{CSV} (nur Text) und ZIP (inkl. Dateien) \item Import von Tabellen im CSV-Format als Experimente oder Datenbankeinträge \end{itemize} \centering \huge\faFileArchive\hspace{0.75em}\faFilePdf\hspace{0.75em}\faFile \end{frame} \section{Einbindung in bestehende Infrastruktur} \begin{frame} \frametitle{Benutzerauthentifizierung} \begin{itemize} \item Nach Installation: Lokale Benutzerkonten \item Einbindung in zentrale Identitätsmanagementsysteme möglich (SAML 2.0) \item Kombination von lokalen und zentralen Zugängen möglich \end{itemize} \begin{center} \huge\faUsers\normalsize \end{center} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{API-Zugriff} Zugriff über öffentliche REST-API \begin{itemize} \item Interaktion mit Geräten und Prozessen \item Automatisches Anlegen/Abschließen von Experimenten \item Hochladen von Daten zu eLabFTW \item Datenexport im JSON-Format \end{itemize} \end{frame} \begin{frame}[fragile] \frametitle{API-Zugriff} \begin{block}{Erstellen eines Experimentes aus der \emph{bash} heraus} \scriptsize\begin{verbatim} #!/bin/bash export API_KEY=XXXXX curl -X POST -H "Authorization: $API_KEY" \ "https://elabftw.example.org/api/v1/experiments" # Datei zu Experiment 3 hochladen curl -X POST -F "file=@your-file.jpg" -H \ "Authorization: $API_KEY" \ "https://elabftw.example.org/api/v1/experiments/3" \end{verbatim} \end{block} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{API-Zugriff} \begin{figure} \centering \includegraphics[width=0.5\textwidth]{img/python-logo.pdf} \end{figure} \begin{figure} \centering Python-Bibliothek zur einfachen Interaktion mit eLabFTW:\vspace{1em} \includegraphics[width=0.25\textwidth]{img/elab/elabapy.png} \end{figure} \end{frame} \begin{frame}[fragile] \frametitle{API-Zugriff} \begin{block}{Erstellen eines Experimentes mit \emph{python}} \tiny\begin{verbatim} #!/sbin/env python import elabapy manager = elabapy.Manager(endpoint="https://elab.example.org/api/v1/", token="XXXX") exp = manager.create_experiment() files = {'file': open('report.xls', 'rb')} print(manager.upload_to_experiment(exp["id], files)) \end{verbatim} \end{block} \pause Weitere Beispiele:~\small\url{https://doc.elabftw.net/api.html} \end{frame} \section{Wie ausprobieren?} \begin{frame} \frametitle{Demo-Installation} \begin{figure} \centering \includegraphics[width=0.5\textwidth]{img/elabftw-logo.pdf} \end{figure} \centering \url{https://demo.elabftw.net} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{Installation} \begin{figure} \centering \includegraphics[width=0.5\textwidth]{img/docker.eps} \end{figure} \centering \url{https://doc.elabftw.net/install.html} \end{frame} \section{Zum Abschluss} \begin{frame} \frametitle{Weitere Fragen?} \begin{center} \huge\faGlobe\normalsize \end{center} \begin{description} \item[Website] \small\url{https://www.elabftw.net}\normalsize \item[Hilfe] \small\url{https://doc.elabftw.net}\normalsize \item[Quelltext] \small\url{https://github.com/elabftw/elabftw}\normalsize \end{description} \vfill \begin{center} \huge\faEnvelope\normalsize \url{alexander.minges@hhu.de} \\ \url{nicolas.carpi@curie.fr} \end{center} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{Danksagung} \begin{columns}[c] \begin{column}{0.7\textwidth} Prof.~Dr.~Georg Groth\\ Biochemische Pflanzenphysiologie\\ \emph{Heinrich-Heine-Universität} \vspace{3em} Nicolas Carpi\\ \emph{Institut Curie, Paris}\\ Frankreich \end{column} \begin{column}{0.3\textwidth} \includegraphics[width=\textwidth]{img/hhu-logo.pdf} \vspace{3em} \includegraphics[width=\textwidth]{img/institut-curie.jpg} \end{column} \end{columns} \vfill \blfootnote{\faCreativeCommons~\faCreativeCommonsBy~\faCreativeCommonsSa\hspace{1em}Creative Commons BY-SA 4.0} \end{frame} \begin{frame} \frametitle{Abschließend\ldots} \begin{center} \Huge Vielen Dank für Ihre Aufmerksamkeit! \end{center} \end{frame} \end{document}