Athemis/elabftw_hhzi_2018
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Alexander Minges
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Alexander Minges
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# elabftw_hhzi_2018
# elabftw_slides_2019
Vorstellung von eLabFTW auf dem Helmholtz Open Science Workshop „Elektronische Laborbücher“, 13./14.09.2018
Vorstellung von eLabFTW an der Universität Rostock: IRTG Lecture Series -- "Thementag Elektronische Laborbücher" / 26.03.2019

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@ -10,16 +10,16 @@
\usetheme{metropolis}
\metroset{block=fill}
\setdefaultlanguage[variant=german,
spelling=new,
latesthyphen=true]{german}
\setotherlanguage[variant=usmax]{english}
\setdefaultlanguage[variant=usmax]{english}
\setotherlanguage[variant=german,
spelling=new,
latesthyphen=true]{german}
\title{eLabFTW}
\subtitle{Das freie elektronische Laborjournal}
\subtitle{Free Electronic Lab Notebook}
\author[Alexander Minges]{\includegraphics[width=0.2\textwidth]{img/elabftw-logo-small.pdf}\\Alexander Minges}
\institute[Biochemische Pflanzenphysiologie]{Institut für Biochemische Pflanzenphysiologie\\Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf}
\date{\scriptsize Helmholtz Open Science Workshop „Elektronische Laborbücher“\\13. September 2018}
\institute[Biochemical Plant Physiology]{Institute of Biochemical Plant Physiology\\Heinrich Heine University Düsseldorf}
\date{\scriptsize \textquote{Thementag Elektronische Laborbücher}\\26. March 2019 -- University of Rostock}
\hypersetup{pdfauthor={Alexander Minges}}
@ -34,54 +34,68 @@
\maketitle
\section{Einführung}
\section{Introduction}
\begin{frame}
\frametitle{Was ist eLabFTW?}
eLabFTW ist ein generisches elektronisches Laborjournal (ELN)
\frametitle{What is eLabFTW?}
eLabFTW is a generic electronic lab notebook (ELN)
\pause
\begin{itemize}
\item Offene und freie Software (GNU AGPL 3.0~\includegraphics[height=1.0em]{img/AGPLv3_Logo.pdf})\pause
\item Gemeinschaftliche Entwicklung durch \\ Freiwillige -- von Wissenschaftlern, für Wissenschaftler\pause
\item Browser basierte Benutzeroberfläche, kompatibel mit allen gängigen Browsern und (Mobil-) Geräten\pause
\item Übersetzt in verschiedene Sprachen
\item Free and open-source software (GNU AGPL 3.0~\includegraphics[height=1.0em]{img/AGPLv3_Logo.pdf})\pause
\item Community-driven development -- by scientists, \\for scientists\pause
\item Browser-based user interface compatible with all commonly used browsers and (mobile) devices\pause
\item Multilingual
\end{itemize}
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Was ist eLabFTW?}
\frametitle{What is eLabFTW?}
\begin{center}
\large eLabFTW ist eine freie und offene Software (FLOSS)
\large eLabFTW is free and open-source software (FLOSS)
\end{center}
\pause
\begin{description}
\item[Frei wie in \textquote{Freibier}] eLabFTW ist jederzeit \textbf{kostenlos} verfügbar
\item[Frei wie in \textquote{Freiheit}] der \textbf{Quelltext} steht offen zur Verfügung, kann \textbf{angepasst, verändert und weiterverbreitet} werden
\item[Free as in \textquote{beer}] eLabFTW is (and will always be) \\available \textbf{free of charge}
\item[Free as in \textquote{freedom of speech}] Its \textbf{source code} is available and can be \textbf{adjusted, changed and freely distributed}
\end{description}
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Eine kurze Historie}
\frametitle{Why electronic lab notebooks?}
\begin{center}
\large Hand-written lab notebooks are anachronistic\ldots
\end{center}
\pause
\begin{figure}
\centering
\includegraphics[width=0.75\textwidth]{img/anachronismus_1.png}
\blfootnote{Dirnagl \& Przesdzing 2016 (doi: 10.12688/f1000research.7628.1)}
\end{figure}
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{A brief history of eLabFTW}
\Huge\faClock\normalsize
\begin{description}
\item[2012] Initiiert von Nicolas Carpi am \emph{Institut Pasteur}
\item[Feb. 2013] Erste veröffentlichte Version (0.7.0)
\item[2018] Offiziell durch das \emph{Institut Curie} unterstütztes Softwareprojekt
\item[Aug. 2018] Veröffentlichung der aktuellen stabilen Version 2.0
\item[Vorgestern] Bugfix-Release 2.0.1
\item[2012] Initiated by Nicolas Carpi at the \emph{Institut Curie}
\item[Feb. 2013] First public version (0.7.0)
\item[2018] Announced as an officially supported software project by the \emph{Institut Curie}
\item[Aug. 2018] Current major version 2.0 released
\item[Mar. 2019] Feature preview 2.1.0-alpha
\end{description}
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{eLabFTW arbeitet platformunabhängig}
\frametitle{eLabFTW is platform independent}
\begin{center}
\Huge\faPhp\hspace{1em}\faDatabase\hspace{1em}\faServer
\end{center}
\begin{itemize}
\item Installation auf zentralem \textbf{Server} (Webserver + PHP + MySQL/MariaDB)
\item Zugriff über \textbf{Webbrowser} auf Endgeräten (Desktop, Notebook, Tablet, Smartphone)
\item \textbf{Keine Installation spezieller Software} auf dem Client nötig, keine Bindung an bestimmte \textbf{Betriebssysteme}
\item Installation on a \textbf{server} (Webserver + PHP + MySQL/MariaDB)
\item Access via \textbf{web browser} on many different clients (desktop, notebook, tablet, smartphone)
\item \textbf{No client software} needed
\item No dependency on specific \textbf{operating systems}
\end{itemize}
\begin{center}
@ -92,17 +106,17 @@
\begin{frame}
\frametitle{eLabFTW wird weltweit eingesetzt}
\frametitle{Used worldwide}
\begin{figure}
\includegraphics[width=0.9\textwidth]{img/users.pdf}
\end{figure}
\end{frame}
\section{Funktionsumfang}
\section{Features}
\begin{frame}
\frametitle{Benutzeroberfläche}
\centering eLabFTW verfügt über eine moderne und übersichtliche Benutzeroberfläche
\frametitle{User interface}
\centering eLabFTW features a modern and clean UI
\begin{figure}
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_01.png}
@ -110,34 +124,34 @@
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Datenmodell}
\frametitle{Data Model}
\huge\faFlask\hspace{0.5em}\large Experimente\normalsize
\begin{itemize}
\item Frei definierbarer \textbf{Status} (z.B. \textquote{abgeschlossen}, \textquote{laufend} \ldots)
\item \textbf{Zeitstempel} möglich
\item Definierung von \textbf{Vorlagen und Schritten}
\item Freely definable \textbf{status} (e.g. \textquote{finished}, \textquote{in progress} \ldots)
\item \textbf{time stamping} of experiments
\item Definition of \textbf{templates and stepped procedures}
\end{itemize}
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Datenmodell}
\huge\faDatabase\hspace{0.5em}\large Datenbankeinträge\normalsize
\frametitle{Data model}
\huge\faDatabase\hspace{0.5em}\large Database entries\normalsize
\begin{itemize}
\item Definierung von \textbf{Vorlagen und Subtypen}
\item Nutzbar für z.B. Laborinventar, Protokolle
\item Definition von \textbf{buchbaren Einträgen} möglich
\item \textbf{Templates and sub types}
\item Use cases: laboratory inventory, protocols, \ldots
\item Calendar with \textbf{bookable items} (e.g.\ technical facilities)
\end{itemize}
\pause
\huge\faTag\hspace{0.5em}\large Kategorisierung\normalsize
\huge\faTag\hspace{0.5em}\large Categorization\normalsize
\begin{itemize}
\item Frei definierbare Schlagwörter (\emph{Tags})
\item Freely choosable \textbf{tags}
\end{itemize}
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Erstellen von Experimenten und Datenbankeinträgen}
\only<1>{\centering Bearbeitung im grafischen Texteditor}
\only<2>{\centering Anhängen von Dateien mit Vorschau}
\frametitle{Creating experiments and database items}
\only<1>{\centering Rich text editor}
\only<2>{\centering Attaching of files with previews}
\begin{figure}
\centering
\only<1>{\includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_editor1.png}}
@ -146,8 +160,8 @@
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Laborinventar}
\centering Inventarverwaltung mit frei definierbaren Vorlagen
\frametitle{Laboratory inventory}
\centering Inventory management using templates
\begin{figure}
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_03.png}
@ -155,8 +169,8 @@
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Integrierter Zeitplan}
\centering Buchung von Geräten über integrierten Kalender
\frametitle{Integrated calendar}
\centering Booking equipment and facilities
\begin{figure}
\centering
\includegraphics[width=0.8\textwidth]{img/elab/elab_02.png}
@ -164,28 +178,39 @@
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Erstellen von Experimenten und Datenbankeinträgen}
Weitere Funktionen
\frametitle{Creating experiments and database items}
Additional features
\begin{itemize}
\item Eingabe alternativ als \textbf{strukturierter Text} (Markdown)\pause
\item \textbf{Vorschau} gängiger Dateiformate (u.a. PDF, TIFF, PDB, SDF,\ldots)\pause
\item \textbf{Versionierung} von Einträgen und angehängten Daten\pause
\item \textbf{Verlinkung} von Experimenten/Datenbankeinträgen auch untereinander\pause
\item \textbf{Freigabe} von Experimenten für andere Benutzer\pause
\item Satz \textbf{mathematischer Formeln}
\item Alternative input syntax: \textbf{structured text} (Markdown)\pause
\item \textbf{Preview} of common file formats (u.a. PDF, TIFF, PDB, SDF,\ldots)\pause
\item \textbf{Versioning} of entries and attached files\pause
\item \textbf{Linking} of/between experiments and database items\pause
\item \textbf{Sharing} experimens with other users\pause
\item Rendering of \textbf{math formula}
\end{itemize}
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Zeitstempel}
Fixierung von Experimenten mittels Zeitstempel
\frametitle{Upcoming features}
New in 2.1.0 (incomplete):
\begin{itemize}
\item Possibility to include a \textbf{privacy statement} (\textquote{GDPR-complicance})
\item \textbf{Mailinglists}
\item \textbf{Reports} in admin interface (e.g. disk space usage)
\item Miscellaneous things \textquote{under the hood}
\end{itemize}
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Time stamping}
Status of experiments
\begin{columns}[c]
\begin{column}{0.8\textwidth}
\begin{itemize}
\small
\item Nachweis eines definierten Zustandes zum Zeitpunkt \textquote{X}
\item Zeitstempeldienst (TSA) nach RFC 3161 (z.B. DFN)
\item Datenintegrität mittels Signatur überprüfbar
\item Proof of defined status at time point \textquote{X}
\item Time stamping authority (TSA) according to RFC~3161 (e.g. DFN)
\item Verification of data integrity by cryptographic hash (SHA256)
\end{itemize}
\end{column}
\begin{column}{0.2\textwidth}
@ -197,29 +222,29 @@
\centering
\includegraphics[width=0.95\textwidth]{img/elab/ts01.png}
\end{figure}
\blfootnote{Abbildung: Wikimedia Commons; CC BY-SA 4.0 \faCreativeCommons~\faCreativeCommonsBy~\faCreativeCommonsSa\hspace{1em}}
\blfootnote{Figure: Wikimedia Commons; CC BY-SA 4.0 \faCreativeCommons~\faCreativeCommonsBy~\faCreativeCommonsSa\hspace{1em}}
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Datenexport/-import}
\frametitle{Data export/import}
\begin{itemize}
\item Export einzelner Experimente und Datenbankeinträge inkl. angehängter Dateien als \textbf{ZIP}
\item Export als \textbf{PDF-Datei} mit Vorschau angehängter Dateien
\item Massenexport als \textbf{CSV} (nur Text) und ZIP (inkl. Dateien)
\item Import von Tabellen im CSV-Format als Experimente oder Datenbankeinträge
\item Export of single experiments and data items as \textbf{ZIP} archive
\item Export as \textbf{PDF} including preview of attached files (if possible)
\item Mass export as \textbf{CSV} (text-only) or \textbf{ZIP} archive (incl. attached files)
\item Import of tables (\textbf{CSV}) to create experiments or database items
\end{itemize}
\centering
\huge\faFileArchive\hspace{0.75em}\faFilePdf\hspace{0.75em}\faFile
\end{frame}
\section{Einbindung in bestehende Infrastruktur}
\section{Integration into existing infrastructure}
\begin{frame}
\frametitle{Benutzerauthentifizierung}
\frametitle{User authentification}
\begin{itemize}
\item Nach Installation: Lokale Benutzerkonten
\item Einbindung in zentrale Identitätsmanagementsysteme möglich (SAML 2.0)
\item Kombination von lokalen und zentralen Zugängen möglich
\item Default after installation: local user accounts
\item Itegration into existing identity management (SAML 2.0)
\item Combination of local and centrally managed accounts possible
\end{itemize}
\begin{center}
\huge\faUsers\normalsize
@ -227,26 +252,26 @@
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{API-Zugriff}
Zugriff über öffentliche REST-API
\frametitle{API access}
Access via public REST API
\begin{itemize}
\item Interaktion mit Geräten und Prozessen
\item Automatisches Anlegen/Abschließen von Experimenten
\item Hochladen von Daten zu eLabFTW
\item Datenexport im JSON-Format
\item Interaction with lab equipment and processes
\item Automated creation/termination of experiments
\item Upload of files to eLabFTW
\item Data export in JSON format
\end{itemize}
\end{frame}
\begin{frame}[fragile]
\frametitle{API-Zugriff}
\begin{block}{Erstellen eines Experimentes aus der \emph{bash} heraus}
\frametitle{API access}
\begin{block}{Creating an experiment using \emph{bash} scripts}
\scriptsize\begin{verbatim}
#!/bin/bash
export API_KEY=XXXXX
curl -X POST -H "Authorization: $API_KEY" \
"https://elabftw.example.org/api/v1/experiments"
# Datei zu Experiment 3 hochladen
# Upload and attach file to experiment 3
curl -X POST -F "file=@your-file.jpg" -H \
"Authorization: $API_KEY" \
"https://elabftw.example.org/api/v1/experiments/3"
@ -255,21 +280,21 @@
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{API-Zugriff}
\frametitle{API access}
\begin{figure}
\centering
\includegraphics[width=0.5\textwidth]{img/python-logo.pdf}
\end{figure}
\begin{figure}
\centering
Python-Bibliothek zur einfachen Interaktion mit eLabFTW:\vspace{1em}
Python library for easy interaction with eLabFTW:\vspace{1em}
\includegraphics[width=0.25\textwidth]{img/elab/elabapy.png}
\end{figure}
\end{frame}
\begin{frame}[fragile]
\frametitle{API-Zugriff}
\begin{block}{Erstellen eines Experimentes mit \emph{python}}
\frametitle{API access}
\begin{block}{Creating an experiment using \emph{python}}
\tiny\begin{verbatim}
#!/sbin/env python
import elabapy
@ -283,13 +308,13 @@
\end{verbatim}
\end{block}
\pause
Weitere Beispiele:~\small\url{https://doc.elabftw.net/api.html}
Additional examples:~\small\url{https://doc.elabftw.net/api.html}
\end{frame}
\section{Wie ausprobieren?}
\section{How to try?}
\begin{frame}
\frametitle{Demo-Installation}
\frametitle{Demo}
\begin{figure}
\centering
\includegraphics[width=0.5\textwidth]{img/elabftw-logo.pdf}
@ -308,40 +333,40 @@
\url{https://doc.elabftw.net/install.html}
\end{frame}
\section{Zum Abschluss}
\section{Finally}
\begin{frame}
\frametitle{Weitere Fragen?}
\frametitle{Further questions?}
\begin{center}
\huge\faGlobe\normalsize
\end{center}
\begin{description}
\item[Website] \small\url{https://www.elabftw.net}\normalsize
\item[Hilfe] \small\url{https://doc.elabftw.net}\normalsize
\item[Quelltext] \small\url{https://github.com/elabftw/elabftw}\normalsize
\item[Documentation] \small\url{https://doc.elabftw.net}\normalsize
\item[Source code] \small\url{https://github.com/elabftw/elabftw}\normalsize
\end{description}
\vfill
\begin{center}
\huge\faEnvelope\normalsize
\url{alexander.minges@hhu.de} \\
\url{nicolas.carpi@curie.fr}
\url{alexander.minges@hhu.de}~(de/en)\\
\url{nicolas.carpi@curie.fr}~(fr/en)
\end{center}
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Danksagung}
\frametitle{Acknowledgments}
\begin{columns}[c]
\begin{column}{0.7\textwidth}
Prof.~Dr.~Georg Groth\\
Biochemische Pflanzenphysiologie\\
\emph{Heinrich-Heine-Universität}
Institute of Biochemical Plant Physiology\\
\emph{Heinrich Heine University Düsseldorf}
\vspace{3em}
Nicolas Carpi\\
\emph{Institut Curie, Paris}\\
Frankreich
France
\end{column}
\begin{column}{0.3\textwidth}
\includegraphics[width=\textwidth]{img/hhu-logo.pdf}
@ -356,9 +381,9 @@
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Abschließend\ldots}
\frametitle{Finally\ldots}
\begin{center}
\Huge Vielen Dank für Ihre Aufmerksamkeit!
\Huge Thank you for your kind attention!
\end{center}
\end{frame}