Material und Methoden ausgebaut

git_push.sh

@@ -0,0 +1,30 @@
+#!/bin/bash
+
+# Entferne Backup-Dateien
+rm ./*.tex.backup
+rm ./inc/*.tex.backup
+
+# Entferne temporäre Editor-Dateien
+rm ./*.tex~
+rm ./*.aux~
+rm ./inc/*.tex~
+rm ./inc/*.aux~
+
+#Entferne LaTeX-Hilfsdateien
+rm ./*.aux
+rm ./inc/*.aux
+rm ./*.bbl
+rm ./*.blg
+rm ./*.lof
+rm ./*.lot
+rm ./*.log
+rm ./*.out
+rm ./*.toc
+
+#Entferne aus EPS-Dateien erstellte PDFs
+rm ./img/*-eps-converted-to.pdf
+
+#Eigentlicher git-push
+git add .
+git commit -a
+git push

inc/material.tex

@@ -71,8 +71,10 @@
   \acf{IPTG}                                                         & 367-93-1   & PEQLAB Biotechnologie, Erlangen\\
   Kaliumdihydrogenphosphat                                           & 7778-77-0  & Grüssing, Filsum\\
   Magnesiumchlorid                                                   & 7791-18-6  & VWR, Darmstadt\\
+  Magnesiumsulfat-Heptahydrat                                        & 10034-99-8 & \\
   Natriumchlorid                                                     & 7647-14-5  & VWR, Damrstadt\\
   Natriumdodecylsulfat (SDS)                                         & 151-21-3   & Serva, Heidelberg\\
+  Natriumhydrogencarbonat                                            & 144-55-8   & VWR, Darmstadt\\
   Nickelsulfat                                                       & 10101-97-0 & AppliChem, Darmstadt\\
   Pepton                                                             &            & Becton Dickinson, Heidelberg\\
   Phosphorsäure                                                      & 7664-38-2  & Grüssing, Filsum\\
@@ -122,15 +124,28 @@
   \bottomrule
  \end{tabularx}
  
+\subsection{Restriktionsenzyme}
+\label{sec:restriktionsenzyme}
+
+ \begin{tabularx}{\textwidth}{p{0.25\textwidth}p{0.27\textwidth}X}
+  \toprule
+  \textbf{Bezeichnung} & \textbf{Hersteller} & \textbf{Erkennungssequenz (5'~--~3')}\\
+  \midrule
+  \textit{BamH}I & New England Biolabs, Frankfurt & CA/TATG\\
+  \textit{Nde}I  & New England Biolabs, Frankfurt & G/GATCC\\
+  \bottomrule
+ \end{tabularx} 
+ 
 \subsection{Bakterienstämme}
 \label{sec:batrienstaemme}
 
- \begin{tabularx}{\textwidth}{p{0.25\textwidth}p{0.3\textwidth}X}
+ \begin{tabularx}{\textwidth}{p{0.25\textwidth}p{0.27\textwidth}X}
   \toprule
   \textbf{Bezeichnung} & \textbf{Hersteller} & \textbf{Genotyp}\\
   \midrule
   BL21 (DE3) & Agilent Technologies, Waldbronn & \acs{E. coli} B F$^\text{-}$ \textit{ompT hsdS}(${\text{r}_\text{B}}^\text{-}~{\text{m}_\text{B}}^\text{-}$) \textit{dcm gal} \textlambda(DE3)\\ 
   BL21 Gold (DE3) & Agilent Technologies, Waldbronn & \acs{E. coli} B F$^\text{-}$ \textit{ompT hsdS}(${\text{r}_\text{B}}^\text{-}~{\text{m}_\text{B}}^\text{-}$) \textit{dcm} Tet$^\text{r}$ gal \textlambda(DE3) \textit{endA} Hte\\
+  XL1-Blue & Agilent Technologies, Waldbronn & \acs{E. coli} \textit{recA1 endA1 gyrA96 thi-1 hsdR17 supE44 relA1 lac} [F' \textit{proAB lacI$^\text{q}$ Z\textDelta M15} Tn\textit{10} (Tet$^\text{r}$)]\\
   \bottomrule
  \end{tabularx} 
  
@@ -167,13 +182,49 @@
  \SI{0,002}{\percent} (w/v) \ac{PMSF}
 \end{description}
 
+\subsection{Puffer und Lösungen für die Reinigung}
+\label{sec:reinigungspuffer}
+\begin{description}
+ \item[Nickelsulfatlösung] \hfill \\
+ \SI{100}{\milli\Molar} Nickelsulfat
+\end{description}
+
+\begin{description}
+ \item[Waschpuffer] \hfill \\
+ \SI{50}{\milli\Molar} \acs{Tris}/\ce{HCl}, pH 7,5\\
+ \SI{300}{\milli\Molar} Natriumchlorid\\
+ \SI{5}{\milli\Molar} Magnesiumsulfat\\
+ \SI{5}{\milli\Molar} \ac{DTT}\\
+ \SI{10}{\percent} (w/v) Glycerin\\
+ \SI{0,002}{\percent} (w/v) \ac{PMSF}
+\end{description}
+
+\begin{description}
+ \item[Elutionspuffer] \hfill \\
+ \SI{50}{\milli\Molar} \acs{Tris}/\ce{HCl}, pH 7,5\\
+ \SI{300}{\milli\Molar} Natriumchlorid\\
+ \SI{500}{\milli\Molar} Imidazol\\
+ \SI{5}{\milli\Molar} Magnesiumsulfat\\
+ \SI{5}{\milli\Molar} \ac{DTT}\\
+ \SI{10}{\percent} (w/v) Glycerin\\
+ \SI{0,002}{\percent} (w/v) \ac{PMSF}
+\end{description}
+
+\begin{description}
+ \item[Lagerungspuffer] \hfill \\
+ \SI{50}{\milli\Molar} \acs{Tris}/\ce{HCl}, pH 8\\
+ \SI{10}{\milli\Molar} Magnesiumchlorid\\
+ \SI{0,1}{\milli\Molar} \ac{EDTA}\\
+ \SI{5}{\milli\Molar} \ac{DTT}\\
+ \SI{0,002}{\percent} (w/v) \ac{PMSF}
+\end{description}
 
 \end{singlespace}
-\section{Methoden}
+\section{Molekularbiologische Methoden}
 \label{sec:methoden}
 
-\subsection{DNA-Konzentrationsbestimmung}
-\label{sec:dna_konzentrationsbestimmung}
+\subsection{Konzentrationsbestimmung von Nukleinsäuren}
+\label{sec:konzentrationsbestimmung_nukleinsaeuren}
 Nucleinsäuren besitzen aufgrund der aromatischen Basen ein Absorptionsmaximum
 bei einer Wellenlänge von \SI{260}{\nano\meter}. Die DNA-Konzentration kann daher spektrometrisch
 durch eine Absorptionsmessung bestimmt werden. Es gilt hierbei:
@@ -186,10 +237,36 @@ durch eine Absorptionsmessung bestimmt werden. Es gilt hierbei:
 Platte im Mikroplatten-Lesegerät vermessen und die Konzentration aus der Differenz
 aus Probe und Puffer gemäß Gleichung \ref{eq:dna_konz} berechnet.
 
+\subsection{Isolierung von Plasmid-\acs{DNA}}
+\label{sec:isolierung_plasmid_dna}
+Die Isolierung von Plasmiden erfolgte aus \SI{5}{\milli\liter} Übernachtkulturen mit Hilfe des
+"`QIAprep$^\text{\textregistered}$ Spin Miniprep"'-Kits nach Herstellerangaben.
+Die isolierte Plasmid-\acs{DNA} wurde in \SI{10}{\milli\Molar} \acs{Tris}/\ce{HCl} pH 8,5 bei bei 
+\SI{-20}{\celsius} gelagert.
+
+\subsection{Extraktion von \acs{DNA} aus Agarosegelen}
+\label{sec:extraktion_dna_agarosegel}
+Die Extraktion von \acs{DNA} aus Agarosegelen erfolgte mit dem "`illustra GFX PCR DNA and Gel Band Purification Kit"'
+nach Herstellerangaben.
+
+\subsection{Restriktionsverdau von \acs{DNA}}
+\label{sec:restriktionsverdau_dna}
+Im Zuge der Klonierung wurde der Zielvektor pET-16b über die beiden Restriktionsenzyme \textit{BamH}I und \textit{Nde}I linearisiert.
+Der Verdau erfolgte in einem Ansatzvolumen von \SI{25}{\micro\liter} bei \SI{37}{\celsius} über einen Zeitraum von \SI{2}{\hour}.
+\begin{description}
+ \item[Ansatz Restriktionsverdau] \hfill \\
+ \SI{4}{\micro\gram} Vektor-DNA\\
+ \SI{2}{\micro\liter} NEBuffer 4 (New England Biolabs, Frankfurt)\\
+ \SI{10}{\Unit} \textit{BamH}I \\
+ \SI{10}{\Unit} \textit{Nde}I\\
+ ad \SI{25}{\micro\liter} \ce{dH2O}
+\end{description}
+
+
 \subsection{\acl{PCR}}
 \label{sec:pcr}
 Mit Hilfe der \ac{PCR} konnen Nukleinsäurefragmente gezielt
-vervielfaltigt werden. Die Spezifität der Reaktion ist hierbei durch die Auswahl der
+vervielfältigt werden. Die Spezifität der Reaktion ist hierbei durch die Auswahl der
 eingesetzten Primer gegeben.
 Eine PCR gliedert sich grundsätzlich in drei aufeinanderfolgende Phasen: Während
 der Denaturierung bei \SI{95}{\celsius} wird der Doppelstrang in die beiden Einzelstränge
@@ -203,7 +280,7 @@ vervielfacht werden.
 
 \subsubsection{Herstellung von Inserts für die \acs{SLIC}}
 \label{sec:inserts_slic}
-Die Synthese von Inserts für eine \ac{SLIC} wurde mittels einer \ac{PCR} nach folgendem
+Die Synthese von Inserts für eine \ac{SLIC} (vgl. \ref{sec:slic}) wurde mittels einer \ac{PCR} nach folgendem
 Ansatz durchgeführt:
 \begin{description}
  \item[\ac{PCR}-Ansatz (\SI{50}{\micro\liter})] \hfill \\
@@ -246,12 +323,9 @@ zwanzig Zyklen die Schmelztemperatur des zum Zielvektor homologen Primerbereichs
 Die \ac{SLIC} \citep{Li2007} macht sich die Exonukleaseaktivität der T4-\acs{DNA}-Polymerase zu Nutze, um 5'-Überhänge zu generieren, 
 welche anschließend in einer enzymunabhängigen Reaktion ligieren.
 
-Der Zielvektor pET-16b wurde zunächst über die Restriktionsenzyme \textit{Nde}I und \textit{BamH}I (New England Biolabs, Frankfurt) 
-linearisiert. Hierfür wurden in einem Gesamtvolumen von \SI{25}{\micro\liter} \SI{4000}{\nano\gram} Plasmid-\acs{DNA} für \SI{2}{\hour} 
-bei \SI{22}{\celsius} nach Herstellerangaben gedaut.
-
-Der linearisierte Vektor wurde anschlieend über ein Agarosegel gereinigt und die \acs{DNA} aus dem Gel gelöst. Die für die \ac{PPDK} 
-kodierende Sequenz wurde wie in \ref{sec:pcr} beschrieben amplifiziert und ebenfalls über ein Agarosegel gereinigt.
+Der Zielvektor pET-16b wurde zunächst über die Restriktionsenzyme \textit{Nde}I und \textit{BamH}I linearisiert (vgl. \ref{sec:restriktionsverdau_dna}). Der linearisierte Vektor 
+wurde anschließend über ein Agarosegel gereinigt und die \acs{DNA} aus dem Gel gelöst (vgl. \ref{sec:extraktion_dna_agarosegel}). Die 
+für die \ac{PPDK} kodierende Sequenz wurde wie in \ref{sec:pcr} beschrieben amplifiziert und ebenfalls über ein Agarosegel gereinigt.
 Zur Generierung der 5'-Überhänge wurden \SI{1000}{\nano\gram} Vektor- bzw. Insert-\acs{DNA} in folgendem Ansatz gedaut:
 
 \begin{description}
@@ -267,15 +341,27 @@ Ziel war ein Dau von etwa \SI{30}{\bp} Länge. Aus der Exonukleaseaktivität der
 \SI{10}{\bp\per\minute} bei \SI{22}{\celsius} ergab sich eine Inkubationsdauer von \SI{40}{\minute}. Die Reaktion wurde 
 durch Zugabe von $\frac{1}{10}$ des Ansatzvolumens \SI{10}{\milli\Molar} \ac{dCTP} gestoppt.
 
-In das nachfolgende Annealing wurden \SI{150}{\nano\gram} Vektor-\acs{DNA}, sowie Insert DNA im zweifachen molaren Verhältnis 
-(\SI{144}{\nano\gram}) eingesetzt:
+In das nachfolgende Annealing wurden \SI{150}{\nano\gram} Vektor-\acs{DNA}, sowie Insert DNA (\SI{2691}{\bp}) im zweifachen molaren Verhältnis eingesetzt:
 
 \begin{description}
  \item[\acs{SLIC}-Annealing (\SI{10}{\micro\liter})] \hfill \\
  x \si{\micro\liter} Vektor-\acs{DNA} \textequiv~\SI{150}{\nano\gram}\\
- y \si{\micro\liter} Insert-\acs{DNA} \textequiv~\SI{144}{\nano\gram}\\
+ y \si{\micro\liter} Insert-\acs{DNA} \textequiv~\SI{141}{\nano\gram}\\
  \SI{1}{\micro\liter} T4-Ligase Puffer (New England Biolabs, Frankfurt)\\
  ad \SI{10}{\micro\liter} \ce{dH2O}
 \end{description}
 
+Der Ansatz wurde anschließend für \SI{1}{\hour} bei \SI{37}{\celsius} inkubiert. \SI{5}{\micro\liter} der Ansätze wurden für die
+Transformation von \acs{E. coli} XL1-Blue eingesetzt.
 
+\section{Mikrobiologische Methoden}
+\label{sec:mikrobiologische_methoden}
+
+\section{Präparative Methoden}
+\label{sec:praeparative_methoden}
+
+\section{Analytische Methoden}
+\label{sec:analytische_methoden}
+
+\section{Bioinformatische Methoden}
+\label{sec:bioinformatische_methoden}

masterarbeit.kilepr

@@ -4,7 +4,7 @@ img_extIsRegExp=false
 img_extensions=.eps .jpg .jpeg .png .pdf .ps .fig .gif
 kileprversion=2
 kileversion=2.1.2
-lastDocument=
+lastDocument=masterarbeit.tex
 masterDocument=
 name=Masterarbeit
 pkg_extIsRegExp=false
@@ -118,10 +118,10 @@ order=-1
 
 [item:inc/abkuerzungen.tex]
 archive=true
-column=0
+column=54
 encoding=UTF-8
 highlight=LaTeX
-line=21
+line=9
 mode=LaTeX
 open=true
 order=0
@@ -131,7 +131,7 @@ archive=true
 column=0
 encoding=UTF-8
 highlight=LaTeX
-line=1
+line=3
 mode=LaTeX
 open=true
 order=2
@@ -178,20 +178,20 @@ order=5
 
 [item:inc/material.tex]
 archive=true
-column=31
+column=10
 encoding=UTF-8
 highlight=LaTeX
-line=0
+line=166
 mode=LaTeX
 open=true
 order=4
 
 [item:inc/zusammenfassung.tex]
 archive=true
-column=25
+column=0
 encoding=UTF-8
 highlight=LaTeX
-line=0
+line=1
 mode=LaTeX
 open=true
 order=8
@@ -208,23 +208,23 @@ order=-1
 
 [item:masterarbeit.tex]
 archive=true
-column=74
+column=24
 encoding=UTF-8
 highlight=LaTeX
-line=32
+line=98
 mode=LaTeX
 open=true
 order=1
 
 [view-settings,view=0,item:inc/abkuerzungen.tex]
-CursorColumn=0
-CursorLine=21
+CursorColumn=54
+CursorLine=9
 JumpList=
 ViMarks=
 
 [view-settings,view=0,item:inc/abstract.tex]
 CursorColumn=0
-CursorLine=1
+CursorLine=3
 JumpList=
 ViMarks=
 
@@ -253,19 +253,19 @@ JumpList=
 ViMarks=
 
 [view-settings,view=0,item:inc/material.tex]
-CursorColumn=31
-CursorLine=0
+CursorColumn=10
+CursorLine=166
 JumpList=
 ViMarks=
 
 [view-settings,view=0,item:inc/zusammenfassung.tex]
-CursorColumn=25
-CursorLine=0
+CursorColumn=0
+CursorLine=1
 JumpList=
 ViMarks=
 
 [view-settings,view=0,item:masterarbeit.tex]
-CursorColumn=74
-CursorLine=32
+CursorColumn=24
+CursorLine=98
 JumpList=
 ViMarks=

masterarbeit.tex

@@ -96,6 +96,7 @@
 \author{Alexander Ralph Michael Minges}
 
 \begin{document}
+\selectlanguage{ngerman}
 
 \begin{titlepage}
  \begin{center}