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README.md

@@ -1,3 +1,3 @@
-# elabftw_hhzi_2018
+# elabftw_slides_2019
 
-Vorstellung von eLabFTW auf dem Helmholtz Open Science Workshop „Elektronische Laborbücher“, 13./14.09.2018
+Vorstellung von eLabFTW an der Universität Rostock: IRTG Lecture Series -- "Thementag Elektronische Laborbücher" / 26.03.2019

master.tex

@@ -10,16 +10,16 @@
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     \title{eLabFTW}
-    \subtitle{Das freie elektronische Laborjournal}
+    \subtitle{Free Electronic Lab Notebook}
     \author[Alexander Minges]{\includegraphics[width=0.2\textwidth]{img/elabftw-logo-small.pdf}\\Alexander Minges}
-    \institute[Biochemische Pflanzenphysiologie]{Institut für Biochemische Pflanzenphysiologie\\Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf}
+    \institute[Biochemical Plant Physiology]{Institute of Biochemical Plant Physiology\\Heinrich Heine University Düsseldorf}
-    \date{\scriptsize Helmholtz Open Science Workshop „Elektronische Laborbücher“\\13. September 2018}
+    \date{\scriptsize \textquote{Thementag Elektronische Laborbücher}\\26. March 2019 -- University of Rostock}
 
     \hypersetup{pdfauthor={Alexander Minges}}
 
@@ -34,54 +34,68 @@
 
 \maketitle
 
-\section{Einführung}
+\section{Introduction}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Was ist eLabFTW?}
+    \frametitle{What is eLabFTW?}
-    eLabFTW ist ein generisches elektronisches Laborjournal (ELN)
+    eLabFTW is a generic electronic lab notebook (ELN)
     \pause
     \begin{itemize}
-        \item Offene und freie Software (GNU AGPL 3.0~\includegraphics[height=1.0em]{img/AGPLv3_Logo.pdf})\pause
+        \item Free and open-source software (GNU AGPL 3.0~\includegraphics[height=1.0em]{img/AGPLv3_Logo.pdf})\pause
-        \item Gemeinschaftliche Entwicklung durch \\ Freiwillige -- von Wissenschaftlern, für Wissenschaftler\pause
+        \item Community-driven development -- by scientists, \\for scientists\pause
-        \item Browser basierte Benutzeroberfläche, kompatibel mit allen gängigen Browsern und (Mobil-) Geräten\pause
+        \item Browser-based user interface compatible with all commonly used browsers and (mobile) devices\pause
-        \item Übersetzt in verschiedene Sprachen
+        \item Multilingual
     \end{itemize}
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Was ist eLabFTW?}
+    \frametitle{What is eLabFTW?}
     \begin{center}
-        \large eLabFTW ist eine freie und offene Software (FLOSS)
+        \large eLabFTW is free and open-source software (FLOSS)
     \end{center}
     \pause
     \begin{description}
-        \item[Frei wie in \textquote{Freibier}] eLabFTW ist jederzeit \textbf{kostenlos} verfügbar
+        \item[Free as in \textquote{beer}] eLabFTW is (and will always be) \\available \textbf{free of charge}
-        \item[Frei wie in \textquote{Freiheit}] der \textbf{Quelltext} steht offen zur Verfügung, kann \textbf{angepasst, verändert und weiterverbreitet} werden
+        \item[Free as in \textquote{freedom of speech}] Its \textbf{source code} is available and can be \textbf{adjusted, changed and freely distributed}
     \end{description}
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Eine kurze Historie}
+    \frametitle{Why electronic lab notebooks?}
+    \begin{center}
+        \large Hand-written lab notebooks are anachronistic\ldots
+    \end{center}
+    \pause
+    \begin{figure}
+        \centering
+        \includegraphics[width=0.75\textwidth]{img/anachronismus_1.png}
+       \blfootnote{Dirnagl \& Przesdzing 2016 (doi: 10.12688/f1000research.7628.1)}
+    \end{figure}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}
+    \frametitle{A brief history of eLabFTW}
     \Huge\faClock\normalsize
     \begin{description}
-        \item[2012] Initiiert von Nicolas Carpi am \emph{Institut Pasteur}
+        \item[2012] Initiated by Nicolas Carpi at the \emph{Institut Curie}
-        \item[Feb. 2013] Erste veröffentlichte Version (0.7.0)
+        \item[Feb. 2013] First public version (0.7.0)
-        \item[2018] Offiziell durch das \emph{Institut Curie} unterstütztes Softwareprojekt
+        \item[2018] Announced as an officially supported software project by the \emph{Institut Curie}
-        \item[Aug. 2018] Veröffentlichung der aktuellen stabilen Version 2.0
+        \item[Aug. 2018] Current major version 2.0 released
-        \item[Vorgestern] Bugfix-Release 2.0.1
+        \item[Mar. 2019] Feature preview 2.1.0-alpha
     \end{description}
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{eLabFTW arbeitet platformunabhängig}
+    \frametitle{eLabFTW is platform independent}
     \begin{center}
         \Huge\faPhp\hspace{1em}\faDatabase\hspace{1em}\faServer
     \end{center}
 
     \begin{itemize}
-        \item Installation auf zentralem \textbf{Server} (Webserver + PHP + MySQL/MariaDB)
+        \item Installation on a \textbf{server} (Webserver + PHP + MySQL/MariaDB)
-        \item Zugriff über \textbf{Webbrowser} auf Endgeräten (Desktop, Notebook, Tablet, Smartphone)
+        \item Access via \textbf{web browser} on many different clients (desktop, notebook, tablet, smartphone)
-        \item \textbf{Keine Installation spezieller Software} auf dem Client nötig, keine Bindung an bestimmte \textbf{Betriebssysteme}
+        \item \textbf{No client software} needed
+        \item No dependency on specific \textbf{operating systems}
     \end{itemize}
 
     \begin{center}
@@ -92,17 +106,17 @@
 
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{eLabFTW wird weltweit eingesetzt}
+    \frametitle{Used worldwide}
     \begin{figure}
         \includegraphics[width=0.9\textwidth]{img/users.pdf}
     \end{figure}
 \end{frame}
 
-\section{Funktionsumfang}
+\section{Features}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Benutzeroberfläche}
+    \frametitle{User interface}
-    \centering eLabFTW verfügt über eine moderne und übersichtliche Benutzeroberfläche
+    \centering eLabFTW features a modern and clean UI
     \begin{figure}
         \centering
         \includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_01.png}
@@ -110,34 +124,34 @@
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Datenmodell}
+    \frametitle{Data Model}
     \huge\faFlask\hspace{0.5em}\large Experimente\normalsize
         \begin{itemize}
-            \item Frei definierbarer \textbf{Status} (z.B. \textquote{abgeschlossen}, \textquote{laufend} \ldots)
+            \item Freely definable \textbf{status} (e.g. \textquote{finished}, \textquote{in progress} \ldots)
-            \item \textbf{Zeitstempel} möglich
+            \item \textbf{time stamping} of experiments
-            \item Definierung von \textbf{Vorlagen und Schritten}
+            \item Definition of \textbf{templates and stepped procedures}
         \end{itemize}
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Datenmodell}
+    \frametitle{Data model}
-    \huge\faDatabase\hspace{0.5em}\large Datenbankeinträge\normalsize
+    \huge\faDatabase\hspace{0.5em}\large Database entries\normalsize
         \begin{itemize}
-            \item Definierung von \textbf{Vorlagen und Subtypen}
+            \item \textbf{Templates and sub types}
-            \item Nutzbar für z.B. Laborinventar, Protokolle
+            \item Use cases: laboratory inventory, protocols, \ldots
-            \item Definition von \textbf{buchbaren Einträgen} möglich
+            \item Calendar with \textbf{bookable items} (e.g.\ technical facilities) 
         \end{itemize}
     \pause
-    \huge\faTag\hspace{0.5em}\large Kategorisierung\normalsize
+    \huge\faTag\hspace{0.5em}\large Categorization\normalsize
         \begin{itemize}
-            \item Frei definierbare Schlagwörter (\emph{Tags})
+            \item Freely choosable \textbf{tags}
         \end{itemize}
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Erstellen von Experimenten und Datenbankeinträgen}
+    \frametitle{Creating experiments and database items}
-    \only<1>{\centering Bearbeitung im grafischen Texteditor}
+    \only<1>{\centering Rich text editor}
-    \only<2>{\centering Anhängen von Dateien mit Vorschau}
+    \only<2>{\centering Attaching of files with previews}
     \begin{figure}
         \centering
         \only<1>{\includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_editor1.png}}
@@ -146,8 +160,8 @@
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Laborinventar}
+    \frametitle{Laboratory inventory}
-    \centering Inventarverwaltung mit frei definierbaren Vorlagen
+    \centering Inventory management using templates
     \begin{figure}
         \centering
         \includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_03.png}
@@ -155,8 +169,8 @@
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Integrierter Zeitplan}
+    \frametitle{Integrated calendar}
-    \centering Buchung von Geräten über integrierten Kalender
+    \centering Booking equipment and facilities
     \begin{figure}
         \centering
         \includegraphics[width=0.8\textwidth]{img/elab/elab_02.png}
@@ -164,28 +178,39 @@
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Erstellen von Experimenten und Datenbankeinträgen}
+    \frametitle{Creating experiments and database items}
-    Weitere Funktionen
+    Additional features
     \begin{itemize}
-        \item Eingabe alternativ als \textbf{strukturierter Text} (Markdown)\pause
+        \item Alternative input syntax: \textbf{structured text} (Markdown)\pause
-        \item \textbf{Vorschau} gängiger Dateiformate (u.a. PDF, TIFF, PDB, SDF,\ldots)\pause
+        \item \textbf{Preview} of common file formats (u.a. PDF, TIFF, PDB, SDF,\ldots)\pause
-        \item \textbf{Versionierung} von Einträgen und angehängten Daten\pause
+        \item \textbf{Versioning} of entries and attached files\pause
-        \item \textbf{Verlinkung} von Experimenten/Datenbankeinträgen auch untereinander\pause
+        \item \textbf{Linking} of/between experiments and database items\pause
-        \item \textbf{Freigabe} von Experimenten für andere Benutzer\pause
+        \item \textbf{Sharing} experimens with other users\pause
-        \item Satz \textbf{mathematischer Formeln}
+        \item Rendering of \textbf{math formula}
     \end{itemize}
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Zeitstempel}
+    \frametitle{Upcoming features}
-    Fixierung von Experimenten mittels Zeitstempel
+    New in 2.1.0 (incomplete):
+    \begin{itemize}
+        \item Possibility to include a \textbf{privacy statement} (\textquote{GDPR-complicance})
+        \item \textbf{Mailinglists}
+        \item \textbf{Reports} in admin interface (e.g. disk space usage)
+        \item Miscellaneous things \textquote{under the hood}
+    \end{itemize}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}
+    \frametitle{Time stamping}
+    Status of experiments
     \begin{columns}[c]
         \begin{column}{0.8\textwidth}
              \begin{itemize}
                 \small
-                \item Nachweis eines definierten Zustandes zum Zeitpunkt \textquote{X}
+                \item Proof of defined status at time point \textquote{X}
-                \item Zeitstempeldienst (TSA) nach RFC 3161 (z.B. DFN)
+                \item Time stamping authority (TSA) according to RFC~3161 (e.g. DFN)
-                \item Datenintegrität mittels Signatur überprüfbar
+                \item Verification of data integrity by cryptographic hash (SHA256)
              \end{itemize}
         \end{column}
         \begin{column}{0.2\textwidth}
@@ -197,29 +222,29 @@
         \centering
         \includegraphics[width=0.95\textwidth]{img/elab/ts01.png}
     \end{figure}
-    \blfootnote{Abbildung: Wikimedia Commons; CC BY-SA 4.0 \faCreativeCommons~\faCreativeCommonsBy~\faCreativeCommonsSa\hspace{1em}}
+    \blfootnote{Figure: Wikimedia Commons; CC BY-SA 4.0 \faCreativeCommons~\faCreativeCommonsBy~\faCreativeCommonsSa\hspace{1em}}
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Datenexport/-import}
+    \frametitle{Data export/import}
     \begin{itemize}
-        \item Export einzelner Experimente und Datenbankeinträge inkl. angehängter Dateien als \textbf{ZIP}
+        \item Export of single experiments and data items as \textbf{ZIP} archive
-        \item Export als \textbf{PDF-Datei} mit Vorschau angehängter Dateien
+        \item Export as \textbf{PDF} including preview of attached files (if possible)
-        \item Massenexport als \textbf{CSV} (nur Text) und ZIP (inkl. Dateien)
+        \item Mass export as \textbf{CSV} (text-only) or \textbf{ZIP} archive (incl. attached files)
-        \item Import von Tabellen im CSV-Format als Experimente oder Datenbankeinträge
+        \item Import of tables (\textbf{CSV}) to create experiments or database items
     \end{itemize}
     \centering
     \huge\faFileArchive\hspace{0.75em}\faFilePdf\hspace{0.75em}\faFile
 \end{frame}
 
-\section{Einbindung in bestehende Infrastruktur}
+\section{Integration into existing infrastructure}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Benutzerauthentifizierung}
+    \frametitle{User authentification}
     \begin{itemize}
-        \item Nach Installation: Lokale Benutzerkonten
+        \item Default after installation: local user accounts
-        \item Einbindung in zentrale Identitätsmanagementsysteme möglich (SAML 2.0)
+        \item Itegration into existing identity management (SAML 2.0)
-        \item Kombination von lokalen und zentralen Zugängen möglich
+        \item Combination of local and centrally managed accounts possible
     \end{itemize}
     \begin{center}
         \huge\faUsers\normalsize
@@ -227,26 +252,26 @@
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{API-Zugriff}
+    \frametitle{API access}
-    Zugriff über öffentliche REST-API
+    Access via public REST API
     \begin{itemize}
-        \item Interaktion mit Geräten und Prozessen
+        \item Interaction with lab equipment and processes
-        \item Automatisches Anlegen/Abschließen von Experimenten
+        \item Automated creation/termination of experiments
-        \item Hochladen von Daten zu eLabFTW
+        \item Upload of files to eLabFTW
-        \item Datenexport im JSON-Format
+        \item Data export in JSON format
     \end{itemize}
 \end{frame}
 
 \begin{frame}[fragile]
-    \frametitle{API-Zugriff}
+    \frametitle{API access}
-    \begin{block}{Erstellen eines Experimentes aus der \emph{bash} heraus}
+    \begin{block}{Creating an experiment using \emph{bash} scripts}
         \scriptsize\begin{verbatim}
   #!/bin/bash
   export API_KEY=XXXXX
   curl -X POST -H "Authorization: $API_KEY" \
     "https://elabftw.example.org/api/v1/experiments"
 
-  # Datei zu Experiment 3 hochladen
+  # Upload and attach file to experiment 3
   curl -X POST -F "file=@your-file.jpg" -H \
     "Authorization: $API_KEY" \
     "https://elabftw.example.org/api/v1/experiments/3"
@@ -255,21 +280,21 @@
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{API-Zugriff}
+    \frametitle{API access}
     \begin{figure}
         \centering
         \includegraphics[width=0.5\textwidth]{img/python-logo.pdf}
     \end{figure}
     \begin{figure}
         \centering
-        Python-Bibliothek zur einfachen Interaktion mit eLabFTW:\vspace{1em}
+        Python library for easy interaction with eLabFTW:\vspace{1em}
         \includegraphics[width=0.25\textwidth]{img/elab/elabapy.png}
     \end{figure}
 \end{frame}
 
 \begin{frame}[fragile]
-    \frametitle{API-Zugriff}
+    \frametitle{API access}
-    \begin{block}{Erstellen eines Experimentes mit \emph{python}}
+    \begin{block}{Creating an experiment using \emph{python}}
         \tiny\begin{verbatim}
   #!/sbin/env python
   import elabapy
@@ -283,13 +308,13 @@
         \end{verbatim}
     \end{block}
     \pause
-    Weitere Beispiele:~\small\url{https://doc.elabftw.net/api.html}
+    Additional examples:~\small\url{https://doc.elabftw.net/api.html}
 \end{frame}
 
-\section{Wie ausprobieren?}
+\section{How to try?}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Demo-Installation}
+    \frametitle{Demo}
     \begin{figure}
         \centering
         \includegraphics[width=0.5\textwidth]{img/elabftw-logo.pdf}
@@ -308,40 +333,40 @@
     \url{https://doc.elabftw.net/install.html}
 \end{frame}
 
-\section{Zum Abschluss}
+\section{Finally}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Weitere Fragen?}
+    \frametitle{Further questions?}
     \begin{center}
         \huge\faGlobe\normalsize
     \end{center}
     \begin{description}
         \item[Website] \small\url{https://www.elabftw.net}\normalsize
-        \item[Hilfe] \small\url{https://doc.elabftw.net}\normalsize
+        \item[Documentation] \small\url{https://doc.elabftw.net}\normalsize
-        \item[Quelltext] \small\url{https://github.com/elabftw/elabftw}\normalsize
+        \item[Source code] \small\url{https://github.com/elabftw/elabftw}\normalsize
     \end{description}
     \vfill
     \begin{center}
         \huge\faEnvelope\normalsize
 
-        \url{alexander.minges@hhu.de} \\
+        \url{alexander.minges@hhu.de}~(de/en)\\
-        \url{nicolas.carpi@curie.fr}
+        \url{nicolas.carpi@curie.fr}~(fr/en)
     \end{center}
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Danksagung}
+    \frametitle{Acknowledgments}
     \begin{columns}[c]
         \begin{column}{0.7\textwidth}
             Prof.~Dr.~Georg Groth\\
-            Biochemische Pflanzenphysiologie\\
+            Institute of Biochemical Plant Physiology\\
-            \emph{Heinrich-Heine-Universität}
+            \emph{Heinrich Heine University Düsseldorf}
 
             \vspace{3em}
 
             Nicolas Carpi\\
             \emph{Institut Curie, Paris}\\
-            Frankreich
+            France
         \end{column}
         \begin{column}{0.3\textwidth}
             \includegraphics[width=\textwidth]{img/hhu-logo.pdf}
@@ -356,9 +381,9 @@
 \end{frame}
 
 \begin{frame}
-    \frametitle{Abschließend\ldots}
+    \frametitle{Finally\ldots}
     \begin{center}
-        \Huge Vielen Dank für Ihre Aufmerksamkeit!
+        \Huge Thank you for your kind attention!
     \end{center}
 \end{frame}