Athemis/elabftw_hhzi_2018
1
0
Fork 0
Code Issues Pull requests Releases Wiki Activity

Compare commits

base: Athemis:uni_rostock_2019_en
Branches Tags
Athemis:master
Athemis:uni_rostock_2019
Athemis:uni_rostock_2019_en
..
compare: Athemis:master
Branches Tags
Athemis:uni_rostock_2019
Athemis:uni_rostock_2019_en
Athemis:master

No commits in common. "uni_rostock_2019_en" and "master" have entirely different histories.
uni_rostoc ... master

4 changed files with 104 additions and 129 deletions
Show stats Expand all files Collapse all files

4
README.md
View file

@ -1,3 +1,3 @@
# elabftw_slides_2019 # elabftw_hhzi_2018
Vorstellung von eLabFTW an der Universität Rostock: IRTG Lecture Series -- "Thementag Elektronische Laborbücher" / 26.03.2019 Vorstellung von eLabFTW auf dem Helmholtz Open Science Workshop „Elektronische Laborbücher“, 13./14.09.2018

BIN
img/anachronismus_1.png
View file

Binary file not shown.
Side by side

Before

Width:  |  Height:  |  Size: 1.1 MiB

BIN
master.pdf
View file

Binary file not shown.

229
master.tex
View file

@ -10,16 +10,16 @@
\usetheme{metropolis} \usetheme{metropolis}
\metroset{block=fill} \metroset{block=fill}
\setdefaultlanguage[variant=usmax]{english} \setdefaultlanguage[variant=german,
\setotherlanguage[variant=german, spelling=new,
spelling=new, latesthyphen=true]{german}
latesthyphen=true]{german} \setotherlanguage[variant=usmax]{english}
\title{eLabFTW} \title{eLabFTW}
\subtitle{Free Electronic Lab Notebook} \subtitle{Das freie elektronische Laborjournal}
\author[Alexander Minges]{\includegraphics[width=0.2\textwidth]{img/elabftw-logo-small.pdf}\\Alexander Minges} \author[Alexander Minges]{\includegraphics[width=0.2\textwidth]{img/elabftw-logo-small.pdf}\\Alexander Minges}
\institute[Biochemical Plant Physiology]{Institute of Biochemical Plant Physiology\\Heinrich Heine University Düsseldorf} \institute[Biochemische Pflanzenphysiologie]{Institut für Biochemische Pflanzenphysiologie\\Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf}
\date{\scriptsize \textquote{Thementag Elektronische Laborbücher}\\26. March 2019 -- University of Rostock} \date{\scriptsize Helmholtz Open Science Workshop „Elektronische Laborbücher“\\13. September 2018}
\hypersetup{pdfauthor={Alexander Minges}} \hypersetup{pdfauthor={Alexander Minges}}
@ -34,68 +34,54 @@
\maketitle \maketitle
\section{Introduction} \section{Einführung}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{What is eLabFTW?} \frametitle{Was ist eLabFTW?}
eLabFTW is a generic electronic lab notebook (ELN) eLabFTW ist ein generisches elektronisches Laborjournal (ELN)
\pause \pause
\begin{itemize} \begin{itemize}
\item Free and open-source software (GNU AGPL 3.0~\includegraphics[height=1.0em]{img/AGPLv3_Logo.pdf})\pause \item Offene und freie Software (GNU AGPL 3.0~\includegraphics[height=1.0em]{img/AGPLv3_Logo.pdf})\pause
\item Community-driven development -- by scientists, \\for scientists\pause \item Gemeinschaftliche Entwicklung durch \\ Freiwillige -- von Wissenschaftlern, für Wissenschaftler\pause
\item Browser-based user interface compatible with all commonly used browsers and (mobile) devices\pause \item Browser basierte Benutzeroberfläche, kompatibel mit allen gängigen Browsern und (Mobil-) Geräten\pause
\item Multilingual \item Übersetzt in verschiedene Sprachen
\end{itemize} \end{itemize}
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{What is eLabFTW?} \frametitle{Was ist eLabFTW?}
\begin{center} \begin{center}
\large eLabFTW is free and open-source software (FLOSS) \large eLabFTW ist eine freie und offene Software (FLOSS)
\end{center} \end{center}
\pause \pause
\begin{description} \begin{description}
\item[Free as in \textquote{beer}] eLabFTW is (and will always be) \\available \textbf{free of charge} \item[Frei wie in \textquote{Freibier}] eLabFTW ist jederzeit \textbf{kostenlos} verfügbar
\item[Free as in \textquote{freedom of speech}] Its \textbf{source code} is available and can be \textbf{adjusted, changed and freely distributed} \item[Frei wie in \textquote{Freiheit}] der \textbf{Quelltext} steht offen zur Verfügung, kann \textbf{angepasst, verändert und weiterverbreitet} werden
\end{description} \end{description}
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{Why electronic lab notebooks?} \frametitle{Eine kurze Historie}
\begin{center}
\large Hand-written lab notebooks are anachronistic\ldots
\end{center}
\pause
\begin{figure}
\centering
\includegraphics[width=0.75\textwidth]{img/anachronismus_1.png}
\blfootnote{Dirnagl \& Przesdzing 2016 (doi: 10.12688/f1000research.7628.1)}
\end{figure}
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{A brief history of eLabFTW}
\Huge\faClock\normalsize \Huge\faClock\normalsize
\begin{description} \begin{description}
\item[2012] Initiated by Nicolas Carpi at the \emph{Institut Curie} \item[2012] Initiiert von Nicolas Carpi am \emph{Institut Pasteur}
\item[Feb. 2013] First public version (0.7.0) \item[Feb. 2013] Erste veröffentlichte Version (0.7.0)
\item[2018] Announced as an officially supported software project by the \emph{Institut Curie} \item[2018] Offiziell durch das \emph{Institut Curie} unterstütztes Softwareprojekt
\item[Aug. 2018] Current major version 2.0 released \item[Aug. 2018] Veröffentlichung der aktuellen stabilen Version 2.0
\item[Mar. 2019] Feature preview 2.1.0-alpha \item[Vorgestern] Bugfix-Release 2.0.1
\end{description} \end{description}
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{eLabFTW is platform independent} \frametitle{eLabFTW arbeitet platformunabhängig}
\begin{center} \begin{center}
\Huge\faPhp\hspace{1em}\faDatabase\hspace{1em}\faServer \Huge\faPhp\hspace{1em}\faDatabase\hspace{1em}\faServer
\end{center} \end{center}
\begin{itemize} \begin{itemize}
\item Installation on a \textbf{server} (Webserver + PHP + MySQL/MariaDB) \item Installation auf zentralem \textbf{Server} (Webserver + PHP + MySQL/MariaDB)
\item Access via \textbf{web browser} on many different clients (desktop, notebook, tablet, smartphone) \item Zugriff über \textbf{Webbrowser} auf Endgeräten (Desktop, Notebook, Tablet, Smartphone)
\item \textbf{No client software} needed \item \textbf{Keine Installation spezieller Software} auf dem Client nötig, keine Bindung an bestimmte \textbf{Betriebssysteme}
\item No dependency on specific \textbf{operating systems}
\end{itemize} \end{itemize}
\begin{center} \begin{center}
@ -106,17 +92,17 @@
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{Used worldwide} \frametitle{eLabFTW wird weltweit eingesetzt}
\begin{figure} \begin{figure}
\includegraphics[width=0.9\textwidth]{img/users.pdf} \includegraphics[width=0.9\textwidth]{img/users.pdf}
\end{figure} \end{figure}
\end{frame} \end{frame}
\section{Features} \section{Funktionsumfang}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{User interface} \frametitle{Benutzeroberfläche}
\centering eLabFTW features a modern and clean UI \centering eLabFTW verfügt über eine moderne und übersichtliche Benutzeroberfläche
\begin{figure} \begin{figure}
\centering \centering
\includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_01.png} \includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_01.png}
@ -124,34 +110,34 @@
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{Data Model} \frametitle{Datenmodell}
\huge\faFlask\hspace{0.5em}\large Experimente\normalsize \huge\faFlask\hspace{0.5em}\large Experimente\normalsize
\begin{itemize} \begin{itemize}
\item Freely definable \textbf{status} (e.g. \textquote{finished}, \textquote{in progress} \ldots) \item Frei definierbarer \textbf{Status} (z.B. \textquote{abgeschlossen}, \textquote{laufend} \ldots)
\item \textbf{time stamping} of experiments \item \textbf{Zeitstempel} möglich
\item Definition of \textbf{templates and stepped procedures} \item Definierung von \textbf{Vorlagen und Schritten}
\end{itemize} \end{itemize}
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{Data model} \frametitle{Datenmodell}
\huge\faDatabase\hspace{0.5em}\large Database entries\normalsize \huge\faDatabase\hspace{0.5em}\large Datenbankeinträge\normalsize
\begin{itemize} \begin{itemize}
\item \textbf{Templates and sub types} \item Definierung von \textbf{Vorlagen und Subtypen}
\item Use cases: laboratory inventory, protocols, \ldots \item Nutzbar für z.B. Laborinventar, Protokolle
\item Calendar with \textbf{bookable items} (e.g.\ technical facilities) \item Definition von \textbf{buchbaren Einträgen} möglich
\end{itemize} \end{itemize}
\pause \pause
\huge\faTag\hspace{0.5em}\large Categorization\normalsize \huge\faTag\hspace{0.5em}\large Kategorisierung\normalsize
\begin{itemize} \begin{itemize}
\item Freely choosable \textbf{tags} \item Frei definierbare Schlagwörter (\emph{Tags})
\end{itemize} \end{itemize}
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{Creating experiments and database items} \frametitle{Erstellen von Experimenten und Datenbankeinträgen}
\only<1>{\centering Rich text editor} \only<1>{\centering Bearbeitung im grafischen Texteditor}
\only<2>{\centering Attaching of files with previews} \only<2>{\centering Anhängen von Dateien mit Vorschau}
\begin{figure} \begin{figure}
\centering \centering
\only<1>{\includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_editor1.png}} \only<1>{\includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_editor1.png}}
@ -160,8 +146,8 @@
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{Laboratory inventory} \frametitle{Laborinventar}
\centering Inventory management using templates \centering Inventarverwaltung mit frei definierbaren Vorlagen
\begin{figure} \begin{figure}
\centering \centering
\includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_03.png} \includegraphics[width=\textwidth]{img/elab/elab_03.png}
@ -169,8 +155,8 @@
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{Integrated calendar} \frametitle{Integrierter Zeitplan}
\centering Booking equipment and facilities \centering Buchung von Geräten über integrierten Kalender
\begin{figure} \begin{figure}
\centering \centering
\includegraphics[width=0.8\textwidth]{img/elab/elab_02.png} \includegraphics[width=0.8\textwidth]{img/elab/elab_02.png}
@ -178,39 +164,28 @@
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{Creating experiments and database items} \frametitle{Erstellen von Experimenten und Datenbankeinträgen}
Additional features Weitere Funktionen
\begin{itemize} \begin{itemize}
\item Alternative input syntax: \textbf{structured text} (Markdown)\pause \item Eingabe alternativ als \textbf{strukturierter Text} (Markdown)\pause
\item \textbf{Preview} of common file formats (u.a. PDF, TIFF, PDB, SDF,\ldots)\pause \item \textbf{Vorschau} gängiger Dateiformate (u.a. PDF, TIFF, PDB, SDF,\ldots)\pause
\item \textbf{Versioning} of entries and attached files\pause \item \textbf{Versionierung} von Einträgen und angehängten Daten\pause
\item \textbf{Linking} of/between experiments and database items\pause \item \textbf{Verlinkung} von Experimenten/Datenbankeinträgen auch untereinander\pause
\item \textbf{Sharing} experimens with other users\pause \item \textbf{Freigabe} von Experimenten für andere Benutzer\pause
\item Rendering of \textbf{math formula} \item Satz \textbf{mathematischer Formeln}
\end{itemize} \end{itemize}
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{Upcoming features} \frametitle{Zeitstempel}
New in 2.1.0 (incomplete): Fixierung von Experimenten mittels Zeitstempel
\begin{itemize}
\item Possibility to include a \textbf{privacy statement} (\textquote{GDPR-complicance})
\item \textbf{Mailinglists}
\item \textbf{Reports} in admin interface (e.g. disk space usage)
\item Miscellaneous things \textquote{under the hood}
\end{itemize}
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Time stamping}
Status of experiments
\begin{columns}[c] \begin{columns}[c]
\begin{column}{0.8\textwidth} \begin{column}{0.8\textwidth}
\begin{itemize} \begin{itemize}
\small \small
\item Proof of defined status at time point \textquote{X} \item Nachweis eines definierten Zustandes zum Zeitpunkt \textquote{X}
\item Time stamping authority (TSA) according to RFC~3161 (e.g. DFN) \item Zeitstempeldienst (TSA) nach RFC 3161 (z.B. DFN)
\item Verification of data integrity by cryptographic hash (SHA256) \item Datenintegrität mittels Signatur überprüfbar
\end{itemize} \end{itemize}
\end{column} \end{column}
\begin{column}{0.2\textwidth} \begin{column}{0.2\textwidth}
@ -222,29 +197,29 @@
\centering \centering
\includegraphics[width=0.95\textwidth]{img/elab/ts01.png} \includegraphics[width=0.95\textwidth]{img/elab/ts01.png}
\end{figure} \end{figure}
\blfootnote{Figure: Wikimedia Commons; CC BY-SA 4.0 \faCreativeCommons~\faCreativeCommonsBy~\faCreativeCommonsSa\hspace{1em}} \blfootnote{Abbildung: Wikimedia Commons; CC BY-SA 4.0 \faCreativeCommons~\faCreativeCommonsBy~\faCreativeCommonsSa\hspace{1em}}
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{Data export/import} \frametitle{Datenexport/-import}
\begin{itemize} \begin{itemize}
\item Export of single experiments and data items as \textbf{ZIP} archive \item Export einzelner Experimente und Datenbankeinträge inkl. angehängter Dateien als \textbf{ZIP}
\item Export as \textbf{PDF} including preview of attached files (if possible) \item Export als \textbf{PDF-Datei} mit Vorschau angehängter Dateien
\item Mass export as \textbf{CSV} (text-only) or \textbf{ZIP} archive (incl. attached files) \item Massenexport als \textbf{CSV} (nur Text) und ZIP (inkl. Dateien)
\item Import of tables (\textbf{CSV}) to create experiments or database items \item Import von Tabellen im CSV-Format als Experimente oder Datenbankeinträge
\end{itemize} \end{itemize}
\centering \centering
\huge\faFileArchive\hspace{0.75em}\faFilePdf\hspace{0.75em}\faFile \huge\faFileArchive\hspace{0.75em}\faFilePdf\hspace{0.75em}\faFile
\end{frame} \end{frame}
\section{Integration into existing infrastructure} \section{Einbindung in bestehende Infrastruktur}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{User authentification} \frametitle{Benutzerauthentifizierung}
\begin{itemize} \begin{itemize}
\item Default after installation: local user accounts \item Nach Installation: Lokale Benutzerkonten
\item Itegration into existing identity management (SAML 2.0) \item Einbindung in zentrale Identitätsmanagementsysteme möglich (SAML 2.0)
\item Combination of local and centrally managed accounts possible \item Kombination von lokalen und zentralen Zugängen möglich
\end{itemize} \end{itemize}
\begin{center} \begin{center}
\huge\faUsers\normalsize \huge\faUsers\normalsize
@ -252,26 +227,26 @@
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{API access} \frametitle{API-Zugriff}
Access via public REST API Zugriff über öffentliche REST-API
\begin{itemize} \begin{itemize}
\item Interaction with lab equipment and processes \item Interaktion mit Geräten und Prozessen
\item Automated creation/termination of experiments \item Automatisches Anlegen/Abschließen von Experimenten
\item Upload of files to eLabFTW \item Hochladen von Daten zu eLabFTW
\item Data export in JSON format \item Datenexport im JSON-Format
\end{itemize} \end{itemize}
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame}[fragile] \begin{frame}[fragile]
\frametitle{API access} \frametitle{API-Zugriff}
\begin{block}{Creating an experiment using \emph{bash} scripts} \begin{block}{Erstellen eines Experimentes aus der \emph{bash} heraus}
\scriptsize\begin{verbatim} \scriptsize\begin{verbatim}
#!/bin/bash #!/bin/bash
export API_KEY=XXXXX export API_KEY=XXXXX
curl -X POST -H "Authorization: $API_KEY" \ curl -X POST -H "Authorization: $API_KEY" \
"https://elabftw.example.org/api/v1/experiments" "https://elabftw.example.org/api/v1/experiments"
# Upload and attach file to experiment 3 # Datei zu Experiment 3 hochladen
curl -X POST -F "file=@your-file.jpg" -H \ curl -X POST -F "file=@your-file.jpg" -H \
"Authorization: $API_KEY" \ "Authorization: $API_KEY" \
"https://elabftw.example.org/api/v1/experiments/3" "https://elabftw.example.org/api/v1/experiments/3"
@ -280,21 +255,21 @@
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{API access} \frametitle{API-Zugriff}
\begin{figure} \begin{figure}
\centering \centering
\includegraphics[width=0.5\textwidth]{img/python-logo.pdf} \includegraphics[width=0.5\textwidth]{img/python-logo.pdf}
\end{figure} \end{figure}
\begin{figure} \begin{figure}
\centering \centering
Python library for easy interaction with eLabFTW:\vspace{1em} Python-Bibliothek zur einfachen Interaktion mit eLabFTW:\vspace{1em}
\includegraphics[width=0.25\textwidth]{img/elab/elabapy.png} \includegraphics[width=0.25\textwidth]{img/elab/elabapy.png}
\end{figure} \end{figure}
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame}[fragile] \begin{frame}[fragile]
\frametitle{API access} \frametitle{API-Zugriff}
\begin{block}{Creating an experiment using \emph{python}} \begin{block}{Erstellen eines Experimentes mit \emph{python}}
\tiny\begin{verbatim} \tiny\begin{verbatim}
#!/sbin/env python #!/sbin/env python
import elabapy import elabapy
@ -308,13 +283,13 @@
\end{verbatim} \end{verbatim}
\end{block} \end{block}
\pause \pause
Additional examples:~\small\url{https://doc.elabftw.net/api.html} Weitere Beispiele:~\small\url{https://doc.elabftw.net/api.html}
\end{frame} \end{frame}
\section{How to try?} \section{Wie ausprobieren?}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{Demo} \frametitle{Demo-Installation}
\begin{figure} \begin{figure}
\centering \centering
\includegraphics[width=0.5\textwidth]{img/elabftw-logo.pdf} \includegraphics[width=0.5\textwidth]{img/elabftw-logo.pdf}
@ -333,40 +308,40 @@
\url{https://doc.elabftw.net/install.html} \url{https://doc.elabftw.net/install.html}
\end{frame} \end{frame}
\section{Finally} \section{Zum Abschluss}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{Further questions?} \frametitle{Weitere Fragen?}
\begin{center} \begin{center}
\huge\faGlobe\normalsize \huge\faGlobe\normalsize
\end{center} \end{center}
\begin{description} \begin{description}
\item[Website] \small\url{https://www.elabftw.net}\normalsize \item[Website] \small\url{https://www.elabftw.net}\normalsize
\item[Documentation] \small\url{https://doc.elabftw.net}\normalsize \item[Hilfe] \small\url{https://doc.elabftw.net}\normalsize
\item[Source code] \small\url{https://github.com/elabftw/elabftw}\normalsize \item[Quelltext] \small\url{https://github.com/elabftw/elabftw}\normalsize
\end{description} \end{description}
\vfill \vfill
\begin{center} \begin{center}
\huge\faEnvelope\normalsize \huge\faEnvelope\normalsize
\url{alexander.minges@hhu.de}~(de/en)\\ \url{alexander.minges@hhu.de} \\
\url{nicolas.carpi@curie.fr}~(fr/en) \url{nicolas.carpi@curie.fr}
\end{center} \end{center}
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{Acknowledgments} \frametitle{Danksagung}
\begin{columns}[c] \begin{columns}[c]
\begin{column}{0.7\textwidth} \begin{column}{0.7\textwidth}
Prof.~Dr.~Georg Groth\\ Prof.~Dr.~Georg Groth\\
Institute of Biochemical Plant Physiology\\ Biochemische Pflanzenphysiologie\\
\emph{Heinrich Heine University Düsseldorf} \emph{Heinrich-Heine-Universität}
\vspace{3em} \vspace{3em}
Nicolas Carpi\\ Nicolas Carpi\\
\emph{Institut Curie, Paris}\\ \emph{Institut Curie, Paris}\\
France Frankreich
\end{column} \end{column}
\begin{column}{0.3\textwidth} \begin{column}{0.3\textwidth}
\includegraphics[width=\textwidth]{img/hhu-logo.pdf} \includegraphics[width=\textwidth]{img/hhu-logo.pdf}
@ -381,9 +356,9 @@
\end{frame} \end{frame}
\begin{frame} \begin{frame}
\frametitle{Finally\ldots} \frametitle{Abschließend\ldots}
\begin{center} \begin{center}
\Huge Thank you for your kind attention! \Huge Vielen Dank für Ihre Aufmerksamkeit!
\end{center} \end{center}
\end{frame} \end{frame}